文章依据增值税与所得税的关联性理论分析研究,针对“双主体”税制结构在国家经济发展趋势中出现的问题进行实证分析,提出建立综合税和税种联合协调机制的构想,构建促进增值税与所得税联动效应作用发挥的税收联动效应理论,协调各税种经济功能发挥。文章深入研究了现有税制下两税联动效应理论和开征综合税,发挥两税税基联动效应理论作用。众所周知,增值税和所得税(企业所得税)分别对增加值和所得额进行征税,而二者的实际课税对象(增加值和所得额)之间具有很大程度的交叉重合,现有税制是对重叠部分分别征收增值税、所得税,因此,此种现象隐含了在保持既定税率水平的前提下,只对其征收一种税的可能,此即本文提出的:现有税制结构两税联动效应理论和发挥两税税基联动效应理论开征综合税的立论基础。文章的中心思路是:规范和整合增值税和所得税,待到内外部条件成熟时推行新型所得税种——综合税(详见正文、结论有关章节),建立“税种联合指挥部(或司局、中心)”,解决所得税、增值税征税对象重叠征税现象,发挥增值税与所得税联动效应,使税种调控经济的作用得到有效提高和整体优化。文章在研究增值税和所得税联动效应理论时,通过对增值税和所得税的税收弹性指数等指标分析,根据增值税和企业所得税在促进国家经济建设和发展、稳固税收收入、完善财税体制改革和优化中国税制模式中的重要地位和作用,以及二者对市场主体战略决策、经营规划的影响和经济作用时间和内在逻辑的关联关系,提出建立增值税与企业所得税的联动效应理论,即:互惠效应理论、共振效应理论、共减效应理论、叠盖效应理论等四理论。二者联动效应理论是相互作用的整体架构而非单独运行,其实质是税种之间的相互作用力角逐。四部分联动效应理论相互加强和相互影响,如果正确利用此种税收理论,正确引导产业结构优化升级,则不但有利于促使我国坚持科学发展观的正确指引方针,加快转变经济发展理念和模式,推动产业结构升级;也有利于逐步降低增值税为主的间接税的结构比重,提升所得税为主的直接税比重,实现结构性减税和筹集财政收入优化平衡;有利于充分发挥税种之间的相互作用力和经济联动效应,使得税收政策能够切实尊重经济发展客观规律和趋势;有利于发挥市场在资源配置中的基础性、决定性作用,使得政府合理正确发挥经济宏观调控、维护社会公平正义和构建和谐社会的功能。文章依据联动效应理论分析对增值税和所得税最优占比进行实证分析研究,分别计算最优所得税和最优增值税分别占税收收入和GDP的比重,增值税和所得税只有合理科学的分配比例和征收,才能可持续的推动经济前进,否则就会出现“涸泽而渔”的短视悲剧,对二者在经济发展中继续发挥引擎作用具有指导意义。文章利用我国1994年税制改革后的数据具体测度税种在GDP中的联动效应的显著性并进行了拟合度检验(对数据进行整理和分类,改进柯布—道格拉斯函数模型,通过方差系数和相关性测算,模型通过了t检验、拟合优度检验、F检验、R2检验),实证显示了增值税、所得税联动效应理论模拟效果具有很强的显著相关性和高度拟合性,得出的结论有利于为我国财税政策优化改革提供方法、路径和理论支撑。