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本研究主要以江西省建兰[Cymbidium ensifolium(Linn.)Sw]为材料,采用ISSR分子标记进行遗传多样性分析,目的是了解江西省建兰的遗传多样性水平、遗传结构及其遗传分化,为江西省建兰资源的保护与开发利用提供理论依据。研究结果如下：建兰ISSR-PCR最佳反应体系：25μl的PCR反应体积中,1*PCR buffer,2.5mmol/L MgCl2,200ng模板DNA,160μmol/L dNTPs,1.25U Taq DNA聚合酶,0.4μmol/L引物。最佳扩增程序为：94℃预变性5min,40个循环：94℃变性45s,复性45s,72℃延伸60s,循环结束后72℃延伸7min,4℃保存。用16条筛选出的引物进行PCR扩增,共得到137条谱带,其中多样性条带为131条,多态性条带百分率为96.19%。POPGENE软件分析结果显示,建兰物种水平上遗传多样性为(PPF=76.21％,Na=1.7621,Ne=1.4763,Hpop=0.2730,I=0.4052),居群水平遗传多样性为(PPF=100.00％,Na=2.0000, Ne=1.6696,Hpop=0.3787,I=0.5564).其中崇义(CY)居群的遗传多样性最高(Hpop=0.3280),寻乌(XW)居群的遗传多样性最低(Hpop=0.2082).WINAMOVA软件分析显示,建兰居群间的遗传分化系数ΦST值为0.1557,表明江西建兰居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异。并且大庾岭和九连山脉居群间ΦST=0.1752>九岭山脉居群间ΦST=0.1650>武夷山脉居群间ΦST=0.1616>罗霄山脉居群间ΦST=0.1088,即各山脉居群的居群内遗传分化均大于居群间的遗传分化。POPGENE软件计算建兰居群的Nei’s遗传距离(D)和遗传一致度(Ⅰ)显示,17个建兰居群两两之间的遗传距离(D)和遗传一致度(Ⅰ)变化范围分别为0.0749-0.2819和0.7543-0.9278。其中井冈山市(JGSS)和龙南(LN)的遗传距离(D=0.0749)最小；黎川(LC)和宜丰(YF)的遗传距离(D=0.2819)最大。NTSYS-pc软件对Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,MVSP软件对建兰居群进行主成分分析(PCA),结果显示,井冈山市(JGSS).龙南(LN)、崇义(CY)、宁都(ND)、南丰(NF)居群聚类,万载(WZ)、宜丰(YF)、安福(AF)、邵武(SW)、武夷山市(WYSS).资溪(ZX)居群聚类,再与寻乌(XW)居群聚合聚类,贵溪(GX)、石城(SC)居群聚类,安远(AY)、铜鼓(TG)居群聚类,最后均与黎川(LC)居群所得聚合聚类。TFPGA软件对17个建兰居群的遗传距离和地理距离进行Mantel统计分析,并做显著性检验,结果显示,遗传距离和地理距离之间r=0.0907,p=0.8240>0.05,表明17个建兰居群遗传距离和地理距离相关性不显著。根据研究结果和实地考察提出江西建兰相应的保护策略,如：迁地保护、就地保护、采用组织培养进行规模化的人工栽培满足兰花市场的需求。