白菜叶缘裂刻主效QTL lob10.1的精细定位及候选基因分析

来源 :沈阳农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ljs19841215
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叶裂是一个重要的农艺性状,这一性状在芸薹属作物中存在较大变异。裂叶是作物改良的一个独特的形态特征。然而,叶缘裂刻在大白菜作物中的遗传规律及分子机制知之甚少。本研究前期工作中,构建了叶缘裂刻主效QTL近等基因系NIL(P1)与轮回亲本RcBr(P2)的NIL-F2群体。以该群体为材料,对叶裂基因进行精细定位,结合RNA-seq数据,开发SNP标记,分析和预测lob10.1候选基因,并对该基因进行克隆鉴定。主要研究结果如下:1.主效QTL精细定位本研究以NIL-F2群体为材料,选取其中显性植株对WXInDel-17和WXInDel-76两个标记引物进行验证,筛选重组单株,并进行后代验证;同时对全缘单株基因型进行验证。结合F2代单株基因型及后代叶形分离情况,最终将该基因定位在标记BrID10909和WXInDel-48之间,物理距离为139.7kb。2.RNA-seq数据分析本实验以Brassica rapa V2.5为参考基因组,构建了NIL与P2的转录组文库。共检测到124个差异表达基因,对其功能进行分析,未发现与叶缘裂刻相关的差异表达基因,推测原因为取样时期过晚。进一步对亲本之间的SNP位点进行分析,共检测到1017个纯合差异SNP位点,其中位于A10的有880个,其中91个位于定位区间,基于该数据开发了两对多态性良好的SNP标记,用于后期进一步精细定位。3.候选基因的筛选及预测该定位区间内共有25个候选基因,通过比对同源基因及功能预测分析,定位区间内Bra009510基因与拟南芥AT5G03790基因功能类似,前人研究表明AT5G03790能够使拟南芥叶缘形成锯齿状缺刻,同时能抑制叶片、苞叶的形成。Bra009510基因作为叶缘裂刻的热门基因,已被很多人定位,但其对叶裂形成的调控机制并未被解析。4.候选基因的克隆与鉴定Bra009510是目前叶裂性状的热门基因,针对Bra009510设计引物,通过克隆测序分析,发现P2在Bra009510基因外显子区有1个碱基的插入,可能导致移码突变,因此,推断该基因是大白菜裂叶的候选基因。
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