国有土地使用权出让合同性质的民事合同说与行政协议说分歧是导致其司法适用困境的根本原因。国有土地使用权出让合同性质的界定应当立足于出让合同订立、履行的全过程。当事人双方的法律地位平等,土地出让合同符合《民法典》合同编的规定,以及在履约过程对维护契约严肃性的要求,都构成了对出让合同民事属性的界定。而土地管理部门作为出让方主体具有特殊性,其特殊性体现在合同订立主体的特殊性、行政优益权与政府利益方面。基于土地出让合同所确立是民事法律关系、合同的交易属性、财产属性和经济利益最大化,将土地出让合同认定为民事合同更符合出让合同的性质。又基于土地管理部门身份的“双重性”、行政优益权与政府利益的合理限制与保护,将国有土地使用权出让合同定性为特殊民事合同更符合出让合同的本质。鉴于国有土地使用权出让合同作为一种特殊性质的民事合同,兼具部分行政属性,在当前的诉讼模式和审判环境下,有必要在诉中准用民事附带行政审查,并通过仲裁等多元解纷方案等优化国有土地使用权出让合同纠纷的司法解决方案。