随着人口的增长和社会经济的发展,人类社会对水资源需求量越来越大,而易被开发利用的水资源量越来越少,因此面对近几年大面积、长时间的干旱现象,怎样在干旱的年份里合理安排并利用有限的水资源成为热门话题。而干旱又是新疆最普遍、影响最广泛的灾种,据不完全统计,2008年我区农作物受旱面积达1220万亩(包括旱地),成灾面积达640万亩,绝收面积132万亩。旱灾已成为制约新疆经济、社会可持续发展的重要灾害之一。因此,对典型流域进行枯水年的水资源配置成为当务之急。WRMM模型应用于干旱地区的水资源配置效果良好,但是由于该模型的参数设置和分水政策的关系不明确,因此严重的阻碍了该模型的进一步推广应用。本文针对WRMM模型中罚值设置与水资源分水政策关系不明确的问题,通过对WRMM模型中罚值系统的分析和研究,阐明了基于费用最小原理的单一入流条件下的供水政策与罚值的关系,初步探明了罚值定量办法。同时,以玛纳斯河流域为例,分别对不同程度的枯水年(二十年一遇、百年一遇、特别枯水年)进行不同策略的水资源配置。结果表明：总结的规律对于WRMM模型应用中参数确定具有重要参考意义；该模型应用于枯水年的水资源配置合理且有效,可以实现供水优先序已知条件下的枯水年的水资源配置；该研究使得WRMM模型便于进一步推广,并对新疆其他地区的枯水年的水资源管理与配置有极大的参考价值。