近年来,随着政府承担的公共经济责任的范围逐渐扩大,社会公众的民主意识不断增强,作为公共资源所有者的社会公众对政府受托经营管理公共资源的经济性、效率性和效果性提出了更高的要求,使得现代审计的功能不断拓展、创新,政府审计的重心也逐渐从最初的财政财务收支审计向绩效审计转变。目前,绩效审计已经成为许多国家政府审计的主要内容,一个国家或地区对绩效审计的重视与运用程度已成为衡量该国家或地区审计发展水平的重要标志之一。在我国,审计署在其颁布的《2008至2012年审计工作发展规划》中提出:今后五年审计工作的主要任务要“全面推进绩效审计,提高财政资金和公共资源配置、使用、利用的经济性、效率性和效果性”。可见,绩效审计是我国政府审计的发展方向,也是我国政府审计与世界接轨的重要途径。审计工作是通过具体的审计流程完成的,提高审计工作的竞争力必须有一个高效的、切实可行的审计流程,因此,政府绩效审计流程的研究应该成为政府绩效审计的重点研究领域之一。为适应新时期审计工作需要,刘家义审计长提出了“审计是保障国家经济社会运行的‘免疫系统’”,“免疫系统”论这一新的科学审计理论是从新时期审计实践中提炼出来的,它无疑会在很长一段时期影响到我国的审计理论研究和审计实践,为今后政府绩效审计指明了方向。本文采用了规范研究和案例分析相结合的方法进行研究。研究思路如下:首先,通过对国内外政府绩效审计流程的回顾及评述,指出我国政府绩效审计流程中存在的局限性,并结合我国审计工作实际提出我国政府绩效审计的发展方向;其次,通过对审计“免疫系统”论内涵的理论分析以及对“免疫系统”论下的审计功能拓展的深入研究,全面阐述我国政府绩效审计流程再造的理论基础;再次,在“免疫系统”论的指导下,结合流程再造理论观点,本文将整个绩效审计流程分为事前、事中和事后三个阶段,分别对其进行流程再造,并解析再造后的绩效审计流程的特点;最后,通过一个案例来验证基于“免疫系统”论下,再造后的绩效审计流程的适用性及优势。