十年反恐，不但没有让阿富汗恢复和平与稳定，反而让巴基斯坦与阿富汗相邻的一大部分地区陷入了连绵不断的战乱之中。为了对问题有更加清醒的认识，本文将在四大方面对阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班进行比较分析：阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班的兴起及其内外原因；阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班的组织特点，这部分分析了二者的思想来源、人员构成与组织结构；阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班的活动方式与战略以及与其它极端组织的关系和这两个组织之间的关系；阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班的演变趋势和影响。阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班之间既区别又联系的关系，它们复杂而日渐高效的组织特征，使美国的反恐战争更为艰难、该地区安全形势更为严峻。鉴于塔利班组织赖以生存的社会基础和外部环境，单纯的军事手段无法有效清除塔利班等极端组织，标本兼治、综合治理应是解决问题的关键所在。如果美国、阿富汗和巴基斯坦政府乃至国际社会不能够认清形势从而制定更为合理的政策和策略，那么反恐战争不容乐观的形势仍将继续下去。