自20世纪80年代中期以来，农民专业合作经济组织在我国农村大地上悄然兴起，并迅速发展起来。农民专业合作经济组织是农民在自愿基础上建立起来的，以对成员提供服务为宗旨，以生产经营活动为纽带，以生产、加工、销售环节的有关合作为重点，以维护成员利益、增加成员收入为目的，实行自主经营、自负盈亏、自我管理、自我积累的经济组织。本文以制度经济学为主要分析工具，结合我国农业与农村经济发展的现实条件，对我国农民专业合作经济组织的发展现状、历史沿革、制度供求、农户合作行为及绩效等进行了系统的制度剖析和实证分析，并从制度创新的角度提出了发展对策。研究表明，我国农民专业合作经济组织制度供给不足，存在很大的外部利润。为促进和规范农民专业合作经济组织的发展，制度创新的方向应该是：第一，加强农民专业合作经济组织的立法，继续完善相关的法律法规体系。第二，从财政、税务、信贷、工商、监管、行业管理和产业政策等方面出发，全方位地构建促进农民专业合作经济组织发展的政策支持体系。第三，引导农民专业合作经济组织加强自身管理，建立科学的内部管理制度。第四，深化农村市场化改革，为农民专业合作经济组织的发展提供良好的宏观制度环境。