生物信息学融合了多种学科,但其与经济学融合的研究甚少。本研究通过氨基酸定价方法对绵羊转录组进行初步探索,使用AA、EAA、PAM、BLOSUM四种定价和表达量数据（NO）分别进行分析。运用股市中重要的参照指数对绵羊肝脏、心脏、肌肉、皮肤、卵巢和睾丸组织进行总体评价。并用NO、AA、EAA、PAM、BLOSUM结合的方法对妊娠时期与非妊娠时期卵巢的转录组进行比较分析。得到以下结果:1、通过对高价格转录本的富集分析,发现富集在甲状腺激素、催产素和Gn RH等与生殖过程有关的信号通路,同时也富集在心脏、大脑、胚胎发育以及ATP结合等过程。2、NO方法与AA、EAA、PAM、BLOSUM方法综合指数有显著差异。NO方法计算的综合指数表明,卵巢与肝脏在功能上存在密不可分的联系,妊娠时期的卵巢在妊娠35天有显著的变化。AA、EAA、PAM、BLOSUM方法计算的综合指数表明,肝脏、睾丸、皮肤与卵巢功能存在联系,妊娠时期母体与对应时期胎儿卵巢的转录水平无差异。3、通过对成年2岁母羊、妊娠23天母羊、妊娠35天母羊、妊娠100天母羊、100天胎儿卵巢转录组的差异分析,筛选出的差异基因进行富集分析,发现与ECM-受体互作,TGF-beta信号通路,雌激素信号通路,甲状腺激素的合成,PI3K-Akt信号通路,子宫内的胚胎发育,血管生成,心脏发育,神经肌肉接头发育,前脑发育等有关,其中CREBBP,EP300,LTBP1,COL1A1,COL4A6,FN1,LAMC1,MTOR,JAK1,ATP1A1,LAMA1,COL11A1,CTNNB1,MED13L,ERBB2,TOP2B,HSP90AB1,HSP90B1等是通过AA、EAA、PAM、BLOSUM四种方法筛选出来与生殖相关的基因。4、对AA、EAA、PAM、BLOSUM四种定价方法筛选出的高价值转录本被报道的文献数量进行卡方检验,发现四种方法无显著差异。所以四种方法选择其一进行分析即可,根据筛选出被报道高价值转录本对应基因的数量,选择EAA方法作为本研究的最佳方法。总之,上述研究结果表明定价方法可挖掘出NO方法筛选不到的有价值的基因,为差异基因分析提供了新的分析工具。