心血管疾病作为复杂疾病,其病因往往涉及到炎症,氧化环境压力,脂代谢,离子迁移和基因突变等多种生理过程。西药往往直接作用疾病病变网络、达到治疗疾病的药效。而基于整体协调治病理论的中药往往能够在多水平,多层次上系统性地纠正疾病状态。考虑到中西药对心血管疾病都有较好的疗效,因此从靶点水平分析两者之间的异同有助于揭示它们在治病机理上的差异,同时这些异同信息将有利于加深对心血管疾病病因的理解,有助于将来设计出更好的治疗手段。在本研究中,通过现有资源收集了治疗心血管类疾病的中西药靶点,并从靶点自身生物学特征和靶点在疾病网络中的分布特征来具体分析它们之间的异同。最后本工作以丹参活性化合物丹酚酸b为例,系统分析了中药有效成分治疗心血管疾病的机制。结果表明,西药在治疗心血管疾病过程中,通常作用于细胞膜附近的蛋白,处于生理通路的上游,而中药则趋向于影响一些基础生理通路,且作用在通路中下游的蛋白。此外,在调控一些与心血管疾病关联的生理过程中,中药不仅能够作用于西药治疗心血管疾病的通路,还能够通过其它通路来共同治疗心血管疾病。丹酚酸b主要通过调节机体免疫生理过程(炎症)来达到治病目的。