在全球大力发展创新的背景下,创新活动成为国家综合实力的关键因素之一。随着我国人口红利逐步消失,创新效率即将代替劳动力主导的创新总产量成为更具有针对性的创新能力指标,区域创新效率在全国范围内都是至关重要的。与此同时,在2015年政府工作报告中,李克强总理把“一带一路”、长江经济带和京津冀协同发展明确为“三个支撑带”,京津冀和长江经济带作为我国区域发展战略的规划发展地区,近年来经济结构层次、开放程度等方面既有一定的相似性,也呈现出许多不同特征。因此,本研究以全国各省市区域创新效率为依托,主要对比研究京津冀与长江经济带创新效率及其影响因素的异同。结合三大区域发展战略提出前(2009～2014)、后(2014～2015)数据,对京津冀与长江经济带区域创新效率做了对比研究;在指标选取上做到产学研均衡,尽量避免选取受政策影响会产生大幅波动的指标,以便更加准确地测度我国区域创新效率;充分利用一般化(非)导向超效率DEA模型得到的结果,深入分析京津冀与长江经济带区域创新效率的异同以及如何全面提升效率。运用结构方程模型,依据创新理论及经济增长理论,并结合全国以及京津冀和长江经济带发展现状,以及党中央做出的发展规划,提出假设并构建区域创新效率提升因果关系网络,评价各类影响因素对区域创新效率的影响力度。通过对上面的研究结果进行分析,提出以下政策建议:1)各省应明确定位,找寻与自身能力相适应的规模,提升区域创新效率;2)各省要认清自身特点,扬长避短,在创新活动中发挥优势,合理利用资源;3)提高区域协同水平,合理调整产业结构,在全局视角下优化资源配置,全面提升区域创新效率;4)加强创新基础设施建设,通过交通一体化、通讯一体化和互联网+等促进区域协同创新;5)搭建创新平台,合理整合资源,使资金、技术更有效地为区域创新服务;6)扩大创新开放,敢于“引进来”才能“走出去”。