当前,全球化不断深入、科学技术加速升级,在不断加剧的市场竞争下,企业想要生存和发展,必须不断提高科技创新能力,借助行业垄断性技术,筑牢扎实的实力根基,占据极具优势的战略高地。新三板公司是中国一个新兴的企业群体,进行新三板公司专利与市值关系研究,并提出对新三板公司专利管理的合理建议,可以完善“新三板公司”此类研究对象的信息,加深目前相关研究的深度,同时也对新三板公司的专利管理有启发和促进作用,对于改善新三板公司的经营绩效、提升企业市值、提高投资者的股票回报率均有着重要的意义。本文以云南省的新三板公司作为研究对象,通过文献收集法、理论分析法、案例分析法、统计分析法、比较研究法与实证分析法相结合的研究方法,通过收集文献,了解了国内外研究现状,理论分析了专利与市值的关系,介绍了新三板公司专利概况,对新三板公司样本及其专利情况进行了案例分析,并对高新技术企业资质下新三板公司与专利应的市值、不同交易方式下新三板公司与专利对应的市值、不同分层状态下新三板公司与专利对应的市值进行了比较研究,最终通过实证研究,发现创新层新三板公司的专利数量与市值大小呈正比关系。本文呼吁新三板政府主管部门应加强对创新的保护,鼓励新三板公司进行创新;增强企业研发动力,提高有效研发成果;推进实施新三板摘牌制度。同时也建议新三板自身对口部门要超前布局公司专利;重视引进和培育创新人才;确保科技创新投入,提高公司研发能力;规范化、机制化对专利的管理。