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内蒙古大草原畜牧业发达，具有良好的种质资源，反刍家畜是草原畜牧业的主体牲畜，其肉质特性越来越受到人们的关注。影响肉品质的因素有很多，在饲养条件一定的情况下，主要因素就是基因的影响。基因影响脂肪的沉积进而影响肌内脂肪含量，调控结缔组织的生成从而影响肌肉嫩度，调节肌红蛋白的生成以此来影响肌肉的色泽等。本研究采用常规营养成分分析方法测定反刍家畜骨骼肌的氨基酸含量、脂肪酸含量以及肌内脂肪含量，对其肌肉品质进行初步评定。通过对肌肉总蛋白和脂肪酸进行典型相关分析获得山羊和绵羊在显著水平α=0.05下第一典型相关系数大于0.99的蛋白质和脂肪酸种类。并采用荧光差异蛋白电泳（DIGE）和一维电泳获得反刍家畜的蛋白质谱，通过LC-MS/MS对其差异蛋白进行鉴定分析，对得到的蛋白质进行了初步研究分析。本研究得到如下结论：（1）建立了山羊绵羊牛猪和鸡的骨骼肌氨基酸脂肪酸数据库;（2）山羊和绵羊骨骼肌鲜味氨基酸含量最高,天冬氨酸为骨骼肌含量最稳定的氨基酸,可以通过天冬氨酸含量来估算必需氨基酸鲜味氨基酸和总氨基酸含量。（3）山羊和绵羊脂肪酸中含量最高的油酸占总量的42.3%,PUFA+MUFA+C18:0在人体理想脂肪酸含量的范围内;将山羊绵羊牛猪和鸡骨骼肌的脂肪酸进行聚类分析发现单胃动物和反刍动物分别聚在一起并将山羊绵羊牛猪和鸡的骨骼肌氨基酸和脂肪酸分别进行SAS聚类分析,发现单胃动物和反刍动物分别聚在一起说明单胃动物和反刍动物体内存在不同的氨基酸和脂肪酸模式（4）内蒙古绒山羊在显著水平p=0.0557条件下有一对相关系数为0.9921的典型变量,其中包含12种脂肪酸和8种不同分子量的蛋白质绵羊在显著水平p=0.0284条件下有一对相关系数为0.9996的典型变量,其中包含7种脂肪酸和8种不同分子量的蛋白质。（5）找到8个与脂肪酸代谢相关的基因有和2个与嫩度相关的基因。