自从1999年高等学校的扩招,各高校不断加大高等教育投资,大力开展基础设施建设,努力改善办学条件,提高教学质量,增强竞争力。高校工程建设规模的不断扩大,一方面有力地促进了高等教育事业的发展,另一方面也暴露出了一些不容忽视的问题:投资绩效不理想;损失、浪费严重;资产流失;低水平重复建设等。这些问题的存在不仅阻碍了高校的健康发展,也给国家和高校造成了很大损失。而目前针对高校建设项目所进行的评价:第一,多是工程项目后评价,即使有了评价结果,但是项目已经建成,实际意义不大;第二,没有较完善的评价体系,基本都是套用经济领域的评价方法,鲜有针对高等教育的特殊性,从更现实、全面的角度来考核项目工程的研究,这正是高校建设项目绩效评价的意义所在。高校建设项目绩效评价体系是站在高等院校的角度,以合理配置高校资源、规范工程项目投资渠道、完善高校建设项目评价等为目的,将绩效评价的理论与方法应用在工程项目中的交叉性、创新性研究,其是一个崭新的概念,也是一个初步的探索。本文首先阐述了高校建设项目、绩效及绩效评价的相关理论,并结合当前我国高校建设项目绩效评价的现状,制定了适合我国高校建设项目绩效评价等级。其次,从我国高校建设项目的实际出发,遵循一定的指标构建原则,构建高校建设项目绩效评价指标体系。紧接将遗传算法、模糊理论、神经网络相结合,运用遗传模糊神经网络技术及MATLAB软件构建了遗传模糊神经网络绩效评价模型,最后以XX大学XX项目为例进行实例分析。