随着中央与地方政府权力结构的纵向调整、我国区域经济蓬勃发展和市场经济体制逐步完善,地方政府的自主性不断增强,地方政府之间的横向关系得到了很大的发展。在横向关系发展过程中,出现了大量的跨越单个行政区划的区域性公共事务和公共问题。由于区域公共事务的外部性特征、第三方介入的高成本和地方政府治理区域公共事务的失灵等原因,需要地方政府加强合作治理,避免“公用地悲剧”和“搭便车”现象,有效地解决区域公共事务。本文从基本概念、产生原因、合作特点与类型、理论基础五个方面对地方政府合作治理区域公共事务的一般理论进行了较为全面系统地分析。在此基础上,较为深入地剖析我国地方政府合作治理区域公共事务在治理理念、治理领域和形式、治理组织体系、合作治理的制度建设等方面存在的问题,并从观念、利益、法律、制度和体制五个层面分析了存在问题的原因。在借鉴国外美国与日本等发达国家合作治理区域公共事务的经验基础上,主要运用协商民主理论、治理等理论,从思想观念、法律体系、制度建设、合作机制、体制环境等方面,系统地提出了我国地方政府合作治理区域公共事务的对策。