我国水产养殖产量逐年增长，一些制约水产养殖业发展的问题也随之出现：一方面工业、农田用水等外源性污水排入养殖塘；另一方面养殖密度过大而造成水生生物的排泄物和残余饵料大量沉积，沉积至养殖塘底部形成底泥，经反应产生内源性水体污染。采用传统方法如机械换水和投加化学漂白剂处理水体污染问题，虽然起效快，但是经济成本过高并容易产生二次污染。本论文首先对取得的菌株Q和G进行初步鉴定，经鉴定确定：Q菌为芽孢杆菌属中枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis），G菌为短芽孢杆菌属短短芽孢杆菌（Brevibacillus brevis）。为了系统研究枯草芽孢杆菌和短短芽孢杆菌对于水体水环境作用效果和对于鲤鱼生长影响，试验将两菌株分别按体积比0.1%、0.3%、0.5%投加入20L鲤鱼养殖水体中，养殖周期60天。连续测量水体理化指标：化学需氧量（COD）、氨氮、溶解氧(DO)、pH、透明度（SD)；试验养殖过程中每隔10天测量每个水族箱水体中浮游植物生物密度的变化，观察水体颜色变化。养殖周期中，每隔15天对鲤鱼肥满度进行测量并比较；养殖60天后对鲤鱼体内肠道、肝胰消化酶活性进行测量。得出以下结论：（1）枯草芽孢杆菌和短短芽孢杆菌均能有效的降低水中COD和氨氮浓度，保持水体溶解氧处于6.8~7.1mg/L、水体pH在7.1~7.3范围内，透明度维持于22cm左右。（2）枯草芽孢杆菌组和短短芽孢杆菌组中浮游植物生物密度相比于对照组最大提升分别为33.6%和48.7%，水色分别维持为褐色和黄绿色。（3）养殖60天时，对照组中鲤鱼肥满度提升为14.25%，而枯草芽孢杆菌组和短短芽孢杆菌组中鲤鱼最大提升率分别为27.20%和22.30%。（4）枯草芽孢杆菌试验组中鲤鱼肠道中消化酶活性提升十分明显（p＜0.01），投加剂量为0.5%的试验组肠道蛋白酶最大提升率达到97.17%，投加剂量为0.3%的试验组肠道淀粉酶活性最大提升率是60.31%，而肝胰脏蛋白酶和肝胰脏淀粉酶活性提升不大；短短芽孢杆菌试验组对肠道淀粉酶和肝胰脏淀粉酶活性提升显著（p＜0.05），在0.5%浓度时肠道淀粉酶最大提升为61.70%，肝胰脏淀粉酶活性最大提升率为38.79%，而对肠道蛋白酶和肝胰脏蛋白酶活性提升不明显。（5）枯草芽孢杆菌的最佳投加浓度为0.3%，短短芽孢杆菌最佳投加浓度为0.5%。