脂肪酸结合蛋白(fatty acid binding proteins, FABPs)是一组重要的细胞内脂肪酸载体蛋白,存在于脊椎动物和非脊椎动物的多种组织细胞的胞浆中,对细胞内长链脂肪酸的摄取、转运及代谢调节发挥着重要作用。本试验从建鲤(Cyprinus carpio var. jian)基因组分离了六条FABPs基因序列,通过序列结构、同源性分析表明,所得序列分别属于FABP1、FABP2、FABP7,记为jlFABP1b1、jlFABP1b2、jlFABP2a、jiFABP2b、 jlFABP7a1、jlFABP7a2。这些基因均由4个外显子和3个内含子组成,内含子序列和长度差异明显,和对应的斑马鱼氨基酸序列比较,相似度为81-90%。FABPs氨基酸系统进化树显示FABPs家族的基因是由一个共同的祖先iLBP基因分化而来,所有FABPs氨基酸序列分为三大簇,FABP3和FABP7以很高的置信度聚在一起后与FABP11合为一支再与FABP4、FABP5、FABP8、FABP9、FABP12所在的一支合并,成为一大簇：FABP1、FABP6、FABP10也以很高的置信度合为另一大簇;FABP2单独一簇。不同纲动物的FABPs间的遗传距离和分类地位一致,很好地显示了鱼纲、两栖纲、鸟纲和哺乳纲,但在目和科水平则不能确定地显示物种分类地位之间的关系。利用实时荧光定量PCR测定了FABP2s、FABP7s和FABP3s基因分别在雌、雄建鲤的脑、肝胰脏、小肠、肌肉、肾、心脏、性腺的1mRNA表达量,结果FABP2s在雌鱼和雄鱼小肠中的表达量都极显著最高于其它组织,且小肠中jlFABP2a表达量极显著高于jlFABP2b。jlFABP3a主要在性腺、肝脏、脑、肌肉中表达,在精巢中的表达量极显著高于其它组织;jlFABP3b在心脏、肌肉、肝脏中的表达量最大,显著高于jlFABP3a,雄鱼组织的表达量明显高于雌鱼。jlFABP7s主要在脑、肝脏和精巢中表达,各组织中,jiFABP7a2的表达量均高于jiFABP7a1,肝脏中jlFABP7a1几乎不表达;除性腺外,jlFABP7s在其它组织中的表达量雌、雄鱼间差异不大。比对8尾建鲤的jlFABP2a、2b基因序列,结果在jlFABP2a和2b乃上分别找到12个和4个SNP,均位于内含子上。使用PCR-RFLP法检测了jlFABP2a上4个SNP位点I1-A15G、I1-A99G、I2-C487T和I3-A27T在建鲤选育群体中的基因型分布,并进行了基因型与个体增重的关联分析,结果4个位点与雌、雄成鱼阶段增重分别有极显著或显著相关。同时考虑4个位点的基因型与增重的关系,结果基因型AGGGCCXX和AGGGXXAT的个体平均增重比其它个体快15%,这两种基因型个体在选育群中占了9%,具有较大的选育空间,可用于建鲤分子育种计划中。SNP位点和体长、体高等生长指标关联分析显示,四个位点和体长、体高显著或极显著相关;Ⅱ_A15G和体长/体高、尾柄长/尾柄高显著相关,I1_A99G和尾柄长显著相关,这可为选育不同体型的建鲤提供参考。