高举理性大旗的传统科学哲学,要应对来自内外两方面的“反科学”潮流,其最为突出的代表有拉卡托斯、费耶阿本德,以及科学知识社会学的支持者。这两股潮流的锋芒直指科学的“神圣性”,进而否定科学的理性和客观性。传统科学哲学既然无法提出正面的替代的科学观(求助科学自身及其结构),力挽狂澜,不妨另辟蹊径:审视和描述科学家的认知过程,追问其推理的合理性和实在性。事实上,在上述自然主义认识论的背景之下,科学哲学中发展了一种关于科学推理本质的新观点——基于模型的推理(Model-Based Reasoning,MBR),试图重构科学家发现科学理论的过程。MBR的观点主张:科学推理是创建和操作模型的语义过程,心理建模成为人类推理的基本形式,换句话说,不是在事物和术语抽象映射的逻辑意义下,而是在欲与物理系统的某些方面同构的结构之类比意义下,应用术语“模型”。在传统科学哲学界,逻辑实证主义者莱欣巴哈对发现的语境和辩护的语境进行了明确的区分,其研究的兴趣不在于科学发现的思维过程和机制,而在于理论和事实的关系;另一方面逻辑实证主义者想把科学和形而上学完全区分开,而且他们通过“证实”(verification)来达到此目的。然而这个标准太简单了,因为它不能够为科学术语的意义及假说的辩护,提供一个充足的说明。从哪一个方面来看,他们简单的哲学是无法触及科学发现这一问题,这样他们就把科学发现的问题排除在科学之外,这使得科学发现的推理过程始终笼罩着一层迷雾。而MBR的一个重要目的就是,揭开科学发现的秘密,将科学发现重新纳入科学哲学的研究领域。当人们提到推理,特别是科学推理,就只会想到演绎或者归纳论证,并将其算法应用于命题的集合。这种观念认为,只要前提正确,通过好的推理,就可以得到正确的答案,然而当这种观念推广到科学发现的领域,问题就出现了。事实表明,不像以上观念所认为的那样,好的推理,也可以推导出错误的答案,甚至得不出任何答案。MBR作为与传统逻辑不同的推理方式,其另外一个重要目的就是有效地避免上述难题。但是,尽管我们希望MBR作为科学认知普遍成立的工作假说,开拓其在科学哲学其它语境中的作用,MBR自身却面临着诸多挑战,例如该理论前提的“连续统假说”,被指责混淆了科学和常识之间的区分,是对库恩理论的误读,而且该理论隐含的结构主义观点即模型和外在世界的同构,也屡遭诟病。我们认为,突破模型X对世界表征W的二元关系,聚焦于表征的语用行为,从而构成一种表征的三元关系,即科学家S为科学的目的,用模型X来表征世界W的特性(这里S表示科学家个人、或科研小组,或科学共同体,W是真实世界的某一个方面。对科学研究来说,X可以是许多东西,例如文字、等式、图表、图画,等等)。换言之,在语用表征的框架下,我们将语境论和MBR相结合,从而使MBR理论拓展成PMBR(Pragmatic-Model-Based Reasoning,PMBR)。这样,我们一方面可以回应人们对表征理论的结构主义观点的责难,以及人们对MRR误读库恩理论的责难;另一方面可以将MBR拓展到科学哲学的其它语境:首先,以模型为中介,MBR架起一座沟通心灵、语言和世界的桥梁,三者的关系得以整合,从而印证了逻辑学家皮尔斯的断言,即心灵、语言和世界之间的关系是不可还原的三态关系,如果不能给出三者之间的整体关系,就不可能对心灵和语言、世界和语言的关系进行充分描述。这样PMBR,最终会为发挥逻辑和认知的协同效应开辟了道路。其次,鉴于PMBR保留了意向性,还将为自然主义的认识论的规范性提供一种辩护。