在我国建设创新型国家的大背景下,如何完善科研管理体系,探索出科学有效的科研管理方式,进一步提升我国高校科研创新能力已成重要议题。目前,上海市正在加快建设具有全球影响力的科技创新中心,上海的高水平研究型大学作为科研创新的主力军责无旁贷。基于此,本文对上海四所“985工程”高校的科研管理制度进行研究,以期对我国高水平大学的科研管理活动产生积极影响。本文主要采用比较研究的方法,从高校科研管理的组织结构、机构职能、规章制度和科研激励政策等四个方面,对复旦大学、上海交通大学、同济大学和华东师范大学这四所上海“985工程”高校的科研管理制度进行比较分析,研究四所高校在科研管理制度上的现状,总结四所高校科研管理制度的特点及存在的问题。研究发现：上海市四所“985工程”高校已经基本形成了适合自身发展的科研管理制度框架,四者各具特色,但也都存在需要进一步改进之处。比如,科研管理重心和权力分配不尽合理；科研管理机构的服务意识和专业性有待增强；科研管理规章制度体系不够完善；对科研质量和科研创新的导向和激励不足等。针对上述问题,本文提出建议：第一,促进高校科研管理制度的专业化建设,增强科研领导和科研服务的功能；第二,建立和完善以质量和创新为导向的高校科研激励政策。此外,为落实“双一流建设”的要求,本文还建议,应重视研究与借鉴发达国家一流大学的科研管理成功经验,包括：实行校院二级管理,调动学院和教师的科研潜力；尊重科研规律,注重科研团队建设,在科研决策中充分发挥学术权力和科学家的作用；坚持服务型管理,为科研人员提供专业化服务,积极推进产学研融合；完善制度建设,提供良好的科研管理环境。