随着我国进入经济新常态,经济发展持续下行,为了增强市场活力,国家在2015年提出供给侧结构性改革。从供给入手促进经济增长动力,农业是一个国家经济的重中之重,因此成为改革的发力点。农业上市公司是行业的先行者,资金不仅是公司运行的血脉,同时也是重要的生产要素之一,不同的资金来源影响着资本结构,因此研究农业上市公司资本结构影响因素对供给侧结构性改革的推行具有重要意义。本文主要以2011-2018年沪深两市A股市场农业上市公司作为样本,研究供给侧结构性改革下农业上市公司资本结构影响因素,将研究时段划分为改革前(2011-2015)和改革后(2016-2018)两个时间段,分别对这两个时间段进行实证分析,探讨影响资本结构的因素是否出现变化以及发生怎样的变化。本文在对国内外相关文献进行梳理的基础之上,结合我国当前农业上市公司的现状以及农业供给侧结构性改革的政策,将资本结构的影响因素聚焦于税费负担、创新能力、政府补贴、公司规模、盈利能力、成长性和贷款利率。实证结果显示税费负担与农业上市公司的资本结构由改革前的不显著相关变为显著正相关;创新能力、政府补贴与资本结构的相关性在改革之后明显增强;公司规模、盈利能力、成长性与资本结构在改革前后都是显著相关;贷款利率对资本结构的影响不显著。本文研究表明在供给侧结构性改革推行过程中大力强调的减税减负、提高企业创新能力和政府补贴都对农业上市公司的资本结构有显著影响。