随着我国财政收入规模的逐步增大和公共财政框架的逐步建立，我国财政管理改革已逐步进入以支出管理改革为重点的新阶段。20世纪80年代以来，我国财经理论界和政府部门不断加强财政支出管理的探索研究，已有的成果集中在公共财政管理的一般理论和实践上，对于财政支出绩效评估体系的研究还不是很健全。　　 在现阶段我国的财政科技支出方面，还存在着科技支出比重较低、科技支出对经济增长的作用不明显、科技支出绩效考评落后、绩效考评缺乏系统性实用性和可实施性等等问题。虽然有些部门和地方政府已经先期开始规范科技项目的财政支出行为，也制定出了一些绩效评价办法和指标体系，但实证研究和案例研究的不足使得这些评价方法和指标体系没有得到充分验证，研究成果能够应用的较少，一定程度上制约了科技支出绩效评估的发展。加强对财政科技支出绩效评估的研究，特别是要有针对性的做些实证研究或是案例分析，能够对我国规范政府科技支出整体流程、提高财政科技项目资金的管理水平起到促进和推动作用。　　 为了研究政府财政资金的绩效问题，国内外专家学者运用了多种原理和方法，本文选取的是将平衡记分卡融入绩效评估体系的方法。平衡记分卡最初应用于企业绩效的评估，但在公共部门同样存在适用的可能性。平衡记分卡的优越性体现在把政府对社会发展所承担的眼前责任与长远责任结合起来，是一个既注重当前发展又关注长远战略的评估方法，是绩效评估方法上的一大突破。平衡记分卡在公共部门绩效分析中运用的一大应用条件，是要求实施者在绩效测评时对指标体系进行恰当设计与构建。对应不同行业不同类型的政府公共部门，指标有相应的特殊性，要针对被绩效评估的对象进行有针对性的设计。　　 基于此，在查阅了大量的文献资料后，本文选取上海检验检疫局为案例分析对象，尝试以平衡计分卡为理论切入点，通过分析我国财政科技支出绩效评估的现状及问题，从财务、客户、内部运营、学习与成长四个维度，构建一套完整的财政科技支出绩效评估体系。在上述分析的基础上，吸取现有研究成果，根据指标的选取原则和方法，为各个维度选取恰当的评估指标，采用专家直观判定法确定指标权重，最终建立起基于平衡计分卡的财政科技支出绩效评估指标体系。之后，在指标评分的基础上分析说明了案例单位在应用平衡计分卡时反映出的问题，主要有科技支出对事业发展的拉动作用还比较小，以及案例单位的可持续发展和环保方面比较薄弱等。最后，本文就自身体会浅析了此评估体系在实践推广应用中应注意的几点问题，提出了完善我国财政科技支出绩效评估的若干建议，旨在为平衡记分卡在政府部门绩效评估中的广泛有效应用提供参考。