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辣椒的杂种优势明显，利用细胞质雄性不育（CMS）三系配套制种是辣椒杂种优势利用的重要途径。有关辣椒细胞质雄性不育基础理论的研究薄弱，远远落后于玉米，水稻等作物的雄性不育机理研究。为了丰富辣椒的雄性不育理论，加快辣椒细胞质雄性不育恢复系的选育步伐，扩大所12质雄性不育技术在辣椒中的应用范围，本研究以湖南省蔬菜研究所选育的辣椒CMS系9704A、保持系9704B，甜椒恢复系T01-65及其杂种后代为材料，对育性进行了遗传分析，对恢复基因进行了分子标记。利用CMS不育系9704A和8214A，保持系9704B和8214B，2个恢复系8001，9701，细胞质雄性不育三系配套组合9704A×8001，9704A×9701，8214A×8001，8214A×9701和保持系组合9704B×8001，9704B×9701，8214B×8001，8214B×9701为材料，研究了三系在内含物上的遗传效应，取得了以下结果：1．对辣椒CMS系9704A、甜椒恢复系T01-65及其F1、F2代育性分离观察分析表明，控制该细胞质雄性不育系育性恢复的基因为一对显性基因。2．以辣椒CMS系9704A、甜椒恢复系T01-65及其组合9704A×T01-65F2群体97株植株为材料，利用群分法（BSA）进行恢复基因定位，使用了24条引物扩增，其中91.6％的引物（22个）在双亲间表现出多态性，引物M-ACA×E-CAT的扩增，在可育池和不育池之间均表现出一致的差异，恢复系和不育系扩增验证亦如此，通过对24个单株的AFLP分析发现，恢复系和可育池DNA扩增产物比不育系和不育池DNA扩增产物多出一条估计大小为170bp的带0PL09-170（有待进一步测序证明），且标记稳定。3．CMS系9704A、8214A和相应的保持系相比：果实中游离蛋白质和维生素C含量低于保持系，且差异显著或极显著；果实中纤维素和可溶性糖含量低于保持系，在9704A和9704B之间差异达到了显著水平；果实中干物质含量稍低于保持系，但差异不显著。4．CMS三系配套辣椒组合和相对的保持系组合在内含物含量上有差异，但在不同的CMS系上的表现不一致，CMS系的不育性对杂交后代中内含物的含量高低没有影响。CMS三系配套组合中内含物含量与恢复系果实中内含物含量呈正相关，恢复系果实中内含物含量高则其F1代果实中的含量也高。