近几年,事业单位的所处的内外环境发生了重大的变化,对事业单位的功能定位、运行机制和业务活动等产生了深刻的影响,对单位资金的筹集、分配、使用等经济管理活动提出了更高的要求,迫切需要在事业单位制度建设方面紧跟时代的步伐,立足服务经济社会大局,在制度的设计和制度的创新方面与时俱进。随着经济体制的改革,对事业单位的资金投入的比例上升,事业单位的对社会提供的服务也更加全面。但事业单位的主要资金来源是财政拨款,因此,合理高效使用好资金也是事业单位主要社会职能之一。内部控制是单位健康运行的基础保障,内部控制是否有效直接影响财政资金的使用效果。虽然近几年,已经出台了很多关于事业单位的管理制度,但是因事业单位长期以来受到传统制度的影响,仍然存在很多问题,如管理制度不健全、职能划分不清晰、监督力度不到位、贪污腐败等现象的频频发生。由于事业单位目前形势越来越严峻,所以事业单位的内部管理越来越受大家关注,内部控制也成为了社会的主要关注点。但在政府的推动下,近些年学术界对事业单位的内部控制建设也越来越关注,并且提出了很多宝贵的意见。随着《行政事业单位内部控制规范(试行)》的颁布和实施,学术界的很多学者对事业单位内部控制的相关研究也越来越越多,而其中的很多研究成果都被应用到实际工作中,并且取得了很好的成果。在相关研究的指导下,对完善事业单位的内部控制建设提供重要的理论依据。虽然如此,但因为我国事业单位的内部控制发展的比较晚,很多方面还存在着不完善。因此,文章主要以事业单位业务层面的内部控制为研究对象,主要剖析如何才能将事业单位的内部控制制度进一步完善,通过分析事业单位内部控制的现状,并且研究现行存在问题的原因,然后提出完善事业单位内部控制制度建设的相关措施,建立一套针对事业单位行之有效的内部控制体系,从而为事业单位内部控制建设提供一些理论依据。希望通过本文研究A事业单位的问题及提出的改进措施,能够为广大的事业单位队伍在内部控制建设方面提供参考价值。