随着知识产权保护的实施和WTO的加入，我国制药业将面临严峻的挑战。要在国外药品大量涌入我国市场的强大冲击下站稳脚跟并求得进一步的发展，唯一的出路就是走具有我国特色的技术创新发展之路。我国制药业技术创新的现状究竟如何?本文对此作了系统的分析与评价，其结果将有助于我们准确把握我国制药业技术创新的情况，有助于我们对我国制药业的发展提出科学的建议和对策。因此，本文的研究从促进制药业技术创新和产业发展的角度来讲具有重要意义。 文章首先评述了国内外在技术创新能力概念界定、产业技术创新能力评价指标体系以及我国制药业技术创新理论方面的研究成果，指出系统理论为我们研究我国制药业技术创新能力提供了新的研究思路和分析框架；接着将系统理论与技术创新理论有机结合，提出制药业技术创新能力系统这一概念，进而描述了制药业技术创新能力系统的特征、系统目标、系统结构、系统动力、系统运行环境、系统输入输出，从而我们可以更深刻更准确地把握我国制药业的技术创新能力；在对我国制药业技术创新能力进行系统分析的基础上，选取DEA方法中的C2R模型对制药业技术创新能力系统的整体高效性进行评价，选取模糊综合评价方法对制药业技术创新能力系统的动态持续性进行评价；最后，依据分析评价结果指出了目前我国制药业技术创新能力的制约因素并提出提高其技术创新能力的主要对策。