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从杨凌地区豆科树种刺槐根瘤分离获得了40株根瘤菌,采用数值分类、16S、23S rDNA PCR-RFLP、IGS PCR-RFLP、16S rDNA全序列分析、nodA基因序列分析等多相分类技术,进行多样性和系统发育研究。对40株刺槐根瘤菌测定105项生理生化性状表明,供试的刺槐根瘤菌在碳、氮源利用、抗生素敏感性、对染料抗性程度等方面存在着差异。部分菌株具有较强的耐盐碱能力,其中42.5%的菌株能耐受3.0%的NaCl,17.5%的菌株可在初始pH12的YMA培养基上生长。聚类分析结果表明,在86%的相似水平上,40株未知菌株构成了3个新的表观群,其中第1、2类群各有10株菌,中心菌株分别为CCNWYC119和CCNWYC129,第3类群有7株菌,中心菌株为CCNWYC147。16S rDNA PCR-RFLP聚类分析将部分未知菌株分成3个遗传表观群,而且这3个类群与已知参比菌株相互分开,这与数值分类结果较为一致。23S rDNA PCR-RFLP和IGS PCR-RFLP聚类分析结果则表现出了多样性,38株菌分别分成了5个和4个遗传群。16S rDNA全序列分析表明,刺槐根瘤菌数值分类中群1的中心菌株CCNWYC119与各属的亲缘关系较远,形成一个独立的发育分支。数值分类群2的中心菌株CCNWYC129在系统发育上归属于Rhizobium-Agrobacterium分支内,与根癌土壤杆菌(Ag. tumefaciens)、悬钩子土壤杆菌(Ag. rubi)、Ag. albertimagni构成一个小的分支,CCNWYC129与其相似性分别为98.2%、97.4%、96.8%。数值分类群3的中心菌株CCNWY147在系统发育上归属于Mesorhizobium分支内,与M. thiogangeticum、M. sept- entrionale、M. amorphae、M. huakuii、M. plurifarium构成一个小的分支,CCNWYC147与其相似性分别为97.5%、99.9%、100%、99.6%、99.6%。其中CCNWYC147与M. amorphae 16S rDNA全序列相似性为100%,这说明菌株CCNWYC147与M. amorphae是同一种菌。nodA基因序列分析表明,结瘤nodA基因序列反映的系统发育关系同以16S rDNA基因序列反映的系统发育关系差异较大,并发现nodA基因与根瘤菌的结瘤范围具有相关性。杨凌地区的刺槐根瘤菌CCNWYC119、CCNWYC129、CCNWYC147其nodA基因存在着差异性。CCNWYC147与CCNWYC129 nodA序列之间的相似性为67.2% ,与CCNWYC119 nodA序列之间的相似性为67%。CCNWYC119与CCNWYC129 nodA