这项研究主要包括家蚕基因组微卫星标记(SSR)的筛选、SSR标记在品系间的多态分析以及CAPS标记的设计与应用。构建插入片段大于7 kb的家蚕基因组文库,以同位素标记的(CA)15或(CT)15寡核苷酸为探针采用杂交法从中分别筛选出含有CA重复或CT重复的微卫星序列的阳性克隆。用(GT)7 或(GA)7简并引物对阳性克隆测序,获得微卫星位点一侧的DNA序列,以其设计引物作为第二次测序的引物,向相反方向测序,得到微卫星位点的另一侧序列。按照以上方法共得到38个微卫星位点,从中筛选出22对具有多态性的微卫星引物。利用这22个微卫星位点对34个家蚕品种进行分析,在全部748个PCR反应中,除4个反应之外其它744个反应都扩增出了条带。在家蚕34个品种中22个微卫星位点上,每个位点等位基因数2~16个,平均8.2个。每个位点等位基因数目与DNA重复序列重复次数无关,与重复类型也无关。期望杂合度0.161~0.922,平均0.746。PIC值0.161~0.922,平均0.746。用UPGMA聚类法对结果进行分析,发现除个别品种外多数家蚕品种均按所属系统聚为相对集中的一群,可归为欧、日、中三大类,证明家蚕微卫星标记具有品种特异性,可以用作家蚕指纹图谱分析的工具。为了适应基因组学研究大规模、高通量的特点,探索了一种家蚕基因组DNA的快速抽提法。利用家蚕后部丝腺,不用液氮碾磨,不用苯酚氯仿等危害人体健康的有机溶剂,每头蚕抽提所得DNA总量达200 μg左右,每人每个工作日可以抽提100多个样品。经PCR和AFLP分析证明用该法抽提得到的DNA样品可以用于品种鉴定和指纹分析。通过检索,在genbank的DNA数据库中获得126个家蚕DNA序列,其中的98个序列设计CAPS标记引物。将这些引物用于菁松和兰10两个家蚕<WP=4>品种的基因组DNA的PCR多态分析。发现在2品种之间存在多态性的引物13对。其余的85对引物中条带清晰可进一步用于酶切多态分析的引物有26对。取其中16对引物作家蚕6个品种的PCR多态分析,在P50和C108之间有多态的引物2对,在6个品种中其它品种之间有多态的引物有2对。在家蚕全基因组序列公布以后,这将是寻找分子标记的最主要的方法之一。