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松鼠科(Sciuridae)隶属于哺乳(Mammalia)、啮齿日(Rodentia),广泛分布于世界各地,全世界共计51属约278种。松鼠科物种系统演化关系尚不够清晰,科内部分物种分类学地位存在诸多争议,如海南鼯鼠(Petaurista hainana)是否是独立物种存在不同观点等。动物线粒体基因组在研究动物系统演化上具有独特的特点,被广泛用于基因组结构、功能和系统演化关系研究。本研究采用PCR扩增方法,得到本科分属于3个属的海南鼯鼠(Petaurista hainana)、中印飞鼠Hylopetes phayrei electilis)和红颊长吻松鼠(Dremomys rufigenis)等3物种的线粒体基因组全序列,并对序列进行了组装和注释。结合GenBank上已公布的本科另外3属物种松鼠(Sciurus vulgaris)、小飞鼠(Pteromys volans)和喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)线粒体全基因组序列,对松鼠科6个物种的线粒体基因组全序列结构进行了分析,发现它们具有相似的结构,都包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA,2个rRNA和两段非编码区。蛋白质编码基因ND6和8个tRNA基因由轻链编码,其他基因都山重链编码。线粒体全基因组的A+T含量都大于G+C含量,说明权基因组碱基具有一定的偏倚性。除了tRNA-SerAGY缺少二氢尿嘧啶臂(DHU arm)外,其他tRNA都能形成典型的三叶草型结构。非编码区分为两段,其中控制区(D-loop区)分为三个区,即延长终止区、中央保守区和保守序列区。本研究利用测出的三个物种线粒体基因组cyt b基因并使用GenBank已公布的松鼠科其他物种cyt b基因序列,构建贝叶斯树、最大似然树和邻接树,从分子水平探讨了松鼠科内物种的系统演化关系。得到结论如下：1、海南鼯鼠(Petaurista hainana)不是菲律宾鼯鼠(Petaurista philippensis)或栗背大鼯鼠(Petaurista albiventer)的亚种,应是海南岛特有的独立种。2、分布于海南的中印飞鼠(Hylopetes phayrei electilis),可能应该由亚种提升为独立的种：低泡飞鼠(Hylopetes electilis)。3、海南岛的红烦长吻松鼠(Dremomys rujigenis)既不与云南的红颊长吻松鼠为同种,也不与云南的红腿长吻松鼠(Dremomys pyrrhomerus)同种,其可能为独立种,并将其命名为海南长吻松鼠(Dremomys hainand)。4、飞鼠(flying squirrels)是单起源的,Steppan认为其不足以单独成为一个亚科,所有飞鼠与松鼠属(Sciurus)是姐妹群,两者应同属于松鼠亚科(Sciurinae),飞鼠可能是由树栖松鼠进化而来。5、旱獭属(Marmota)不是单起源,M. olympus的分类地位值得深入研究；草原犬鼠属(Cynomys)在进化树上位于美洲黄鼠属Xerospermophilus亚属、Ictidomys亚属和Poliocitellus亚属之间：美洲黄鼠属(Spermophilus)是并系进化的。