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第一部分 胆管癌组织及癌旁组织circRNAs差异性表达谱筛选及生物信息学分析
目的：检测胆管癌（Cholangiocarcinomas, CCA）组织及癌旁组织环状RNA （circRNAs）表达谱，筛选癌组织及癌旁组织中差异表达的 circRNAs；利用生物信息学分析方法预测差异表达circRNAs靶基因的生物学功能及相关通路，进一步探索胆管癌发生的分子机制。
方法：利用基因芯片对3例配对胆管癌组织及癌旁正常组织circRNAs表达谱测序，筛选出差异性表达circRNAs；并对差异表达的circRNAs进行生物信息学分析预测下游靶基因的相关功能及信号通路。Arraystar 软件预测选择的hsa_circRNA_00058515 所结合的下游靶 miRNA ，对 hsa_circRNA_00058515/miRNA相互作用详细注释。
结果：基因芯片共检出13253个circRNAs，按P＜0.05为筛选标准筛出697个差异表达circRNAs，其中387个circRNAs上调表达，310个circRNAs下调表达；按表达量差异倍数（fold change, FC）＞1.5且P＜0.05为筛选标准，筛出221个差异表达circRNAs，其中117个circRNAs上调表达，104个circRNAs下调表达。GO富集分析发现胆管癌组织上调表达 circRNAs 宿主基因可能参与核酸代谢、含核碱基化合物代谢、调节细胞代谢等生物学过程；可能参与细胞核、核质、胞内、胞内细胞器等细胞分子功能；可能参与杂环化合物结合、有机环状化合物结合、ATP 结合、腺嘌呤核糖核苷酸结合等细胞组分。KEGG 富集分析发现胆管癌组织上调表达circRNAs的宿主基因与癌症的蛋白多糖、肝细胞癌、ErbB信号通路、甲状腺激素信号通路、非小细胞肺癌、MAPK信号通路、癌症的miRNA等有关。GO富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs宿主基因可能参与RNA分解代谢、细胞大分子分解代谢、mRNA代谢、高分子分解代谢等生物学过程；可能参与胞质、胞内等分子功能。可能参与蛋白质结合、RNA 结合、杂环化合物结合、ATP结合等细胞组分。KEGG pathway富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs的宿主基因与志贺氏菌感染、内质网蛋白质加工、细菌入侵上皮细胞、RNA降解、TGF-β信号通路、神经营养因子信号通路、粘附、调节肌动蛋白细胞骨架、泛素介导的蛋白水解、信号通路调节干细胞的多能性等有关。
结论：circRNAs 在胆管癌组织及癌旁组织存在差异表达，生信分析提示差异表达circRNAs可能参与胆管癌的发生。
第二部分 hsa_circRNA_000585在胆管癌组织表达及功能验证
目的：选择在胆管癌组织中上调表达的hsa_circRNA_000585扩大样本进行实时定量逆转录聚合酶链反应（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction, qRT-PCR）验证，并对其下游靶mir-615-5p和AMOT/YAP的表达水平进行qRT-PCR检测。
方法：hsa_circRNA_000585、mir-615-5p 和 AMOT/YAP 的表达水平在 15例配对的胆管癌组织及癌旁组织进行qRT-PCR检测，对比癌组织及癌旁组织差异表达，并绘制受试者工作特征曲线（Receiver Operating Characteristic, ROC）评价hsa_circRNA_000585作为胆管癌诊断标志物的价值。
结果：hsa_circRNA_000585 在胆管癌组织中表达显著上调，与初筛结果一致，mir-615-5p 显著下调表达，AMOT/YAP 在胆管癌组织中上调表达，据此，我们推测hsa_circRNA_000585作为mir-615-5p分子海绵调控靶蛋白AMOT/YAP参与胆管癌的发生。ROC曲线评价hsa_circRNA_000585作为生物学标记物诊断胆管癌的敏感性为0.467，特异度为0.933，AUC为0.693（95%CI 0.519-0.868）。
结论：hsa_circRNA_000585 在胆管癌组织差异表达可能作为胆管癌的诊断标志物，hsa_circRNA_000585/mir-615-5p/AMOT/YAP通路可能参与胆管癌的发生。
目的：检测胆管癌（Cholangiocarcinomas, CCA）组织及癌旁组织环状RNA （circRNAs）表达谱，筛选癌组织及癌旁组织中差异表达的 circRNAs；利用生物信息学分析方法预测差异表达circRNAs靶基因的生物学功能及相关通路，进一步探索胆管癌发生的分子机制。
方法：利用基因芯片对3例配对胆管癌组织及癌旁正常组织circRNAs表达谱测序，筛选出差异性表达circRNAs；并对差异表达的circRNAs进行生物信息学分析预测下游靶基因的相关功能及信号通路。Arraystar 软件预测选择的hsa_circRNA_00058515 所结合的下游靶 miRNA ，对 hsa_circRNA_00058515/miRNA相互作用详细注释。
结果：基因芯片共检出13253个circRNAs，按P＜0.05为筛选标准筛出697个差异表达circRNAs，其中387个circRNAs上调表达，310个circRNAs下调表达；按表达量差异倍数（fold change, FC）＞1.5且P＜0.05为筛选标准，筛出221个差异表达circRNAs，其中117个circRNAs上调表达，104个circRNAs下调表达。GO富集分析发现胆管癌组织上调表达 circRNAs 宿主基因可能参与核酸代谢、含核碱基化合物代谢、调节细胞代谢等生物学过程；可能参与细胞核、核质、胞内、胞内细胞器等细胞分子功能；可能参与杂环化合物结合、有机环状化合物结合、ATP 结合、腺嘌呤核糖核苷酸结合等细胞组分。KEGG 富集分析发现胆管癌组织上调表达circRNAs的宿主基因与癌症的蛋白多糖、肝细胞癌、ErbB信号通路、甲状腺激素信号通路、非小细胞肺癌、MAPK信号通路、癌症的miRNA等有关。GO富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs宿主基因可能参与RNA分解代谢、细胞大分子分解代谢、mRNA代谢、高分子分解代谢等生物学过程；可能参与胞质、胞内等分子功能。可能参与蛋白质结合、RNA 结合、杂环化合物结合、ATP结合等细胞组分。KEGG pathway富集分析发现胆管癌组织下调表达circRNAs的宿主基因与志贺氏菌感染、内质网蛋白质加工、细菌入侵上皮细胞、RNA降解、TGF-β信号通路、神经营养因子信号通路、粘附、调节肌动蛋白细胞骨架、泛素介导的蛋白水解、信号通路调节干细胞的多能性等有关。
结论：circRNAs 在胆管癌组织及癌旁组织存在差异表达，生信分析提示差异表达circRNAs可能参与胆管癌的发生。
第二部分 hsa_circRNA_000585在胆管癌组织表达及功能验证
目的：选择在胆管癌组织中上调表达的hsa_circRNA_000585扩大样本进行实时定量逆转录聚合酶链反应（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction, qRT-PCR）验证，并对其下游靶mir-615-5p和AMOT/YAP的表达水平进行qRT-PCR检测。
方法：hsa_circRNA_000585、mir-615-5p 和 AMOT/YAP 的表达水平在 15例配对的胆管癌组织及癌旁组织进行qRT-PCR检测，对比癌组织及癌旁组织差异表达，并绘制受试者工作特征曲线（Receiver Operating Characteristic, ROC）评价hsa_circRNA_000585作为胆管癌诊断标志物的价值。
结果：hsa_circRNA_000585 在胆管癌组织中表达显著上调，与初筛结果一致，mir-615-5p 显著下调表达，AMOT/YAP 在胆管癌组织中上调表达，据此，我们推测hsa_circRNA_000585作为mir-615-5p分子海绵调控靶蛋白AMOT/YAP参与胆管癌的发生。ROC曲线评价hsa_circRNA_000585作为生物学标记物诊断胆管癌的敏感性为0.467，特异度为0.933，AUC为0.693（95%CI 0.519-0.868）。
结论：hsa_circRNA_000585 在胆管癌组织差异表达可能作为胆管癌的诊断标志物，hsa_circRNA_000585/mir-615-5p/AMOT/YAP通路可能参与胆管癌的发生。