医药制造业是我国的“朝阳产业”,其产业发展与人们身体健康和生活质量密切相关。同时,作为资源密集型和知识密集型的高新技术产业,创新也成为医药制造业高质量发展的重要动力。然而,现阶段我国医药制造业普遍存在技术落后、产品单一和基础薄弱等问题,这些问题严重阻碍了其发展。而医药制造业创新能力的提高有利于解决目前行业普遍存在的问题,从而提高医药制造业生产效率,进而实现行业高质量发展。另外,我国医药制造业创新能力与国外还存在较大差距,因而提高医药制造业创新能力也是提升我国医药制造业国际竞争力的有效途径。因此深入研究我国医药制造业创新效率,探讨影响创新效率的因素,并针对性提出政策建议,这对于促进医药制造业高质量发展,进而带动经济发展具有重要作用。与此同时,随着医药制造业快速发展,我国已形成了一定数量的医药产业集聚区,产业集聚带来的“规模经济”能减少企业生产成本、增强企业竞争力和吸引专业人才,进而通过提高医药制造业创新效率进一步促进区域经济发展。因此基于产业集聚的视角研究医药制造业创新效率对经济发展的影响具有重要现实意义。鉴于此,本文基于2006—2019年的面板数据,在分析已有研究的基础上,首先采用区位熵测算了我国各地区医药制造业集聚水平。其次采用三阶段DEA和Malmquist指数从静态和动态角度测度了我国各地区医药制造业创新效率。最后以医药制造业产业集聚水平作为中介变量和门槛变量,研究其在创新效率与经济发展之间的中介效应和门槛效应。研究结论如下。（1）我国各地区医药制造业集聚水平整体呈下降趋势。从空间来看,东北地区下降最明显且波动最大。西部地区波动最小,其集聚水平也最低。中部地区差距较小,大部分省份集聚水平呈增长趋势。东部地区整体高于其余三个区域。（2）我国各地区医药制造业综合技术效率值整体较低但呈上升趋势,规模无效率是影响综合技术无效率的重要原因。规模效率整体处于规模效率递增状态,表明各省市医药制造业投入规模较低,需要加大投入规模。而纯技术效率整体接近有效状态,表明对投入资源的利用率较高。（3）医药制造业产业集聚在其创新效率对经济发展的影响中存在部分中介效应,且剔除中介变量后,医药制造业创新效率对经济发展仍具有显著的促进作用。（4）医药制造业集聚水平在其创新效率对经济发展的影响中具有显著的二重门槛效应。当集聚水平较低时,创新效率对经济发展起显著的促进作用。当集聚水平适度提高时,因存在拥挤效应,此时创新效率对经济发展起不显著的促进作用。当集聚水平继续上升时,医药制造业因具有较成熟的人才市场、产业链和先进的技术水平,企业间合作程度加深,此时创新效率对经济发展又起显著的促进作用。根据上述结论,本文提出如下建议:（1）提高生产要素利用率,适度增加投入规模。（2）提高技术创新和企业管理能力,引导产学研结合。（3）优化人才配置,完善教育体制和培养高质量人才。（4）完善基础设施,减少人口和人才流失。（5）营造良好创新环境,降低企业生存压力和激发创新动力。（6）提高资源利用率和保护环境,促进行业可持续发展。（7）结合当地企业集聚水平,合理开展创新活动。