随着全国城市化与工业化进程的不断加快，造成区域生态资源的存量不断下降，资源再生能力不足的情况越来越严重。近年来，云南省经济社会和生态环境的协调可持续发展也受到了越来越多因素的制约，为实现省内区域可持续发展和区域之间协调发展，探索更加合理与完善的新型区域生态补偿机制逐渐成为各方学者共同关注的焦点问题。云南省主体功能区划是实现区域内社会经济与生态环境的和谐，推进人与自然可持续发展的一种新型发展战略模式。云南主体功能区划将地理环境十分复杂和社会经济发展差距巨大的云南省，科学地划分成四个类型：优化开发类型、重点开发类型、限制开发类型和禁止开发四种类型。按照不同类型区域的不同功能定位和要求，调整和完善空间开发结构，优化产业空间、城市空间、生态空间布局，努力形成区域分工合理、区际良性互动、基本公共服务均等化的区域协调发展新格局，这是云南实现跨越发展的战略基础。主体功能区划战略的实施，为我们今后研究新型的区域生态补偿机制提供了一种重要的研究角度。本文以云南省为例，通过大量的国内外文献研究，在总结前人的理论与实践基础上，结合云南省主体功能区划的基本情况，试图构建了一种主体功能区划下的新型区域生态补偿机制。本论文的研究内容和结论主要包括:首先，结合《云南主体功能区划》方案，参考前人的部分研究结果，对云南省内优化开发区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区四个区域的基本情况以及生态补偿的现状进行了初步分析。其次，通过从可持续发展、产权界定、生态经济价值和公平效益四个角度对云南省主体功能区生态补偿问题进行实证分析可以看出：云南省自然资源没有得到可持续利用；不同功能区生态共享共建机制缺乏；补偿主体单一化；各主体功能区生态系统服务价值量化困难；补偿标准难以测算以及各区域发展不公平等诸多问题亟待解决。并针对此现状，初步探索构建了云南主体功能区生态补偿的运行机制，有针对性地对各主体功能区生态补偿的目标和原则、基本要素、补偿方式与途径、补偿标准等方面问题作了探讨，提出了解决方案。再次，对主体功能区生态补偿标准的测算方法进行了归纳与分析，比较了各种方法的优缺点，并从中选取了具有代表性的生态足迹法对云南禁止开发区的生态补偿标准进行了具体量化。为了更有实践性，计算过程参考了云南省相关年份统计年鉴的数据，科学的引入了生态补偿系数，利用总量生态足迹效率指标、农业生态足迹效率指标分别计算得出2011年云南禁止开发区的最高补偿标准约为人均777.8元/年，最低补偿标准约为人均170元/年。最后，为构建与完善云南主体功能区生态补偿机制，从明确补偿责任、建立补偿基金、完善法规制度这三个角度提出了对策建议，期望能为最终实现云南省区域协调发展提供决策参考依据。