在表观遗传学研究中,染色质可及性变化对基因表达起到了重要的调控作用。单细胞染色质可及性测序技术不断发展的同时,也对庞大数据的分析技术及平台构建提出了艰巨的任务。尽管与单细胞可及性测序技术相关的在线分析平台层出不断,但是一些分析平台功能不够全面,而且受到网络访问的限制,要求用户需要投入大量时间来熟悉编程语言、配置环境。为此本研究开发了一个基于R语言、HTML、层叠样式表（CSS）、Java Script（JS）的在线分析平台sc ATACpipe,该平台可以直观、快速、全面的分析单细胞染色质可及性数据。本平台包括了原始数据质量控制、降维、聚类、标记基因识别与可视化、峰值识别、Motif富集分析、共可及性分析、转录因子轨迹分析等功能,同时为用户提供了高度的定制化分析服务,使用者在绘图时可以使用平台提供的多种配色包;在“质量控制”模块,选择转录起始位点富集分数的阈值、单个细胞的最小片段数等;在“降维”模块,选择迭代次数、起始位置、维度限制等参数;在“聚类”模块,同时提供UMAP和t-SNE两种聚类方法;同时,本平台提供了sc ATAC-seq分析流程当中的参数选择自定义设置功能。在平台前端设计部分,采用竖版流式布局,提供了轮播框、引导图标、导航栏等元件;利用bootstrap中的CSS文件渲染HTML元素,通过JS控制分析流程的先后顺序;同时,本平台还为页面元素添加动画效果,为用户提供了美观且交互性强的界面。在平台后端设计部分,使用单细胞染色质可及性计数矩阵为骨架,通过服务器监听使用者提交的参数选项和要求,将其与测序数据一并通过R语言算法脚本、R包中的函数、矩阵变换等进行计算分析;利用ggplot2、pheatmap等绘图工具将数据分析结果以图形形式展示;通过shiny框架的前后台交互功能,将图形和数据在平台在线展示;利用log文件保留工作台中的关键信息,保证使用者可以随时保存和读取项目。最后,本研究利用了3种造血细胞染色质可及性数据集进行平台测试,测试结果显示,本平台为复杂的分析流程提供了一个直观、高效、简捷的在线分析平台,可以对单细胞染色质可及性数据进行全面的、高定制化的分析。