本研究运用mRNA差异显示技术对红莲型杂交稻组合红莲优6 号及其亲本（粤泰A 、扬稻6 号）、保持系（粤泰B ）苗期、分蘖期根系的基因表达状况进行分析。获得的主要结果如下 ： 1). 不同发育时期之间差异表达基因远少于同一时期杂种与亲本之间差异表达基因，两者均有质量和数量上的差异。同时期杂种和亲本之间基因表达质量上的差异可分为：1.杂种一代特异表达的基因；2.双亲基因在杂种一代沉默；3.基因互补表达带，即基因在一亲本及F1 中表达，而在另一亲本中不表达；4.单亲基因在杂种中沉默 。 2). 水稻杂种一代和亲本不同发育时期之间基因表达差异，可分为：1.同时期内杂种与亲本无差异，但在不同发育时期表现为质或量的差异；2.苗期与分蘖期内杂种与亲本均有质或量差异，且差异相同；3.杂种与亲本只在一个时期内表现差异，且不同发育时期同种材料之间基因表达差异 。 3). 苗期和分蘖期差异表达基因数量相同，但同一差异表达类型基因的数量有较大变化，分蘖期杂种表达单亲基因增多。 4). 对差异片段克隆测序并进行同源性分析，得到7 个差异表达基因序列。 5). 用定量PCR 对MF2 差异片段进行了不同时期表达分析，对MF1 和MF2 进行了不同组织表达分析。MF2 差异表达基因在四叶期表达水平高于在一叶期、三叶均未找到高度同源序列，可能是一些新基因序列。