艾滋孤儿是指生活直接或间接受艾滋病影响的年龄在15岁以下的健康儿童。目前,我国的艾滋孤儿普遍面临生活贫困、营养不良、辍学、歧视等问题,还存在不同程度的心理阴影。艾滋孤儿迫切需要得到生活、医疗、教育、心理等方面的救助。因此,探索研究艾滋孤儿救助提供主体间的合作问题,对于这一弱势群体的情况改善、社会稳定发展具有重要的现实意义。目前,我国政府通过财政资金的支持、法规政策的保障和多种形式的妥善安置对艾滋孤儿实施救助,但仍存在局限性。随着我国经济社会的转型,政府职能的转变,民间组织已经作为新兴的社会力量,参与到公共事务中来,尤其是草根民间组织,虽然他们不能通过民政注册取得合法地位,但在相当程度上县备NGO的核心特征,即非营利性和非政府性。多年的实践证明,在艾滋孤儿救助领域,草根民间组织发挥了很大的作用,特别在救助的微观领域及时弥补了政府的不足。目前,草根民间组织作为政府救助的重要补充,两者的合作还处于起步阶段,存在诸多不足,如：合作空间狭小、合作手段单一、资源整合不足和资金利用率低等问题,这主要是由我国公民社会发展不成熟、政府和草根民间组织缺乏合作意识以及草根民间组织发展不够壮大等原因所致。文章通过对相关文献的梳理分析和调查研究,对我国艾滋孤儿相关问题、公民意识以及草根民间组织发展的现状等因素进行分析,在此基础上对我国艾滋孤儿救助中政府与草根民间组织进行了角色定位,提出应当从救助理念、政府的管理体制、双方的互相监督和草根民间组织能力建设等方面为合作机制的建立创造条件,建立一个包括资金、人员、信息等在内的资源共享机制,从而为政府与草根民间组织的合作提供保障。