王充的思想可以归结为两点:一是对性、命思想的论述,一是对社会上“虚妄”的批判。《四库全书总目子部杂家四》曰:“充书大旨,详于自纪一篇,盖内伤时命之坎坷,外疾世俗之虚伪,故发愤著书,其言多激。”所以性命论在王充的思想中是重要的组成部分。虽然王充在阐述其性、命思想时,为性与命找了一个终极根据—“气”,但是“气”只是王充作为论证其性、命思想体系的一个工具而已。“用气为性”是王充人性思想的基石。王充认为,人性是由气产生,禀气而产生性。人性的善恶之分是由于出生时所禀之气厚渥的不同形成的,所禀之气多则性善,所禀之气少则性恶。王充进而通过对先贤人性思想的批判和吸收,形成了自己的性三品说,这对随后的魏晋玄学,以及后来的宋明理学都有着深刻的影响。王充将人性划分为三个等级:性极善,性善恶混,性极恶。其中性极善和性极恶是不能改变的,而中人之性则是可以通过教化由性恶向性善转化的,这其中不免有王充对统治阶级阿谀奉承的思想,因为王充认为君王是性极善的,是不需要教化的。但王充的人性思想主要是在中人之性的范围内展开的,其所持观点是即使先天禀气不厚,只要在后天努力,通过教化之功,性恶是可以向性善转化的,并且可以向圣人之性靠近,这也是王充刻苦学习的依据。但王充的理想并没有因为他的努力奋斗而实现,一生的郁郁不得志使他在晚年开始对“命”的深刻思考。王充发现不是他一个人命运如此,社会上许多能人志士都不能得尝所愿。于是王充认为是命运在主宰人的一生,而此“命”并非人力能够改变,人只能顺从自己的命运,这就陷入了宿命论的泥潭。王充的“命”思想体系是十分复杂的,虽然王充认为人的“命”是由所禀元气的厚薄决定的,但是他讲“命,吉凶之主也,自然之道,适偶之数,非有他气旁物厌胜感动,使之然也。”在这里“自然之道”就包括“气”作为“命”的根据,而“命”的含义还指出除了“自然之道”,还有“吉凶之主”和“适偶之数”。所以“气”只是王充讲“命”的一个根据而已,并不能说王充思想的核心是“气”。而“命”是在《论衡》中是出现最多的术语之一,而《论衡》中没有涉及到的“命”的含义的篇章基本没有,而王充主要思想中的批判论、颂汉论皆是围绕“命”来阐述的,所以“命”才是王充思想的核心和中枢。王充在讲“命”时,虽然说“命”是不能改变的,但是“命”是可以预知的,预知的方法就是察看人的骨相,王充举了大量的材料来论证他的骨相论,有许多学者认为观骨知命是迷信,指出骨相说是王充思想的一大弊端,与其批判论相悖,但是了解王充当时所处的社会背景以及学术环境就不难理解王充的骨相说。王充思想中有许多矛盾之处,这都是当时的学术环境、社会背景这些外在因素和其自身的学术特点、个人气质相互作用而造成的。所以在研究王充的思想,切不可就事论事,要结合王充所处的社会背景以及其自身遭遇来分析。