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菊花(Dendranthema morifolium(Ramat.)Tzvel.)隶属菊科菊属,多年生草本植物。菊花种质资源丰富,由于形态易受环境影响其形态变异多样化,给菊花品种的分类、遗传多样性研究造成很多难题。对植物表型性状的了解及研究是研究植物分类和遗传多样性的基础。关联分析是以自然群体为研究对象,检测标记位点,试图找到与数量性状相关联的标记位点的分析方法。本研究选用了99种不同的菊花,对其表型性状进行测量并分析,然后与SSR(Simple Sequence Repeat)、SCoT(Start Codon Targeted Polymorphism)标记结合进行相关性状的关联分析;期望可以找到SSR、SCoT位点与数量性状相关联,为今后菊花分子标记辅助育种提供大量的基础数据。在本研究中,我们得到如下结果:1.我们通过用高通量测序(Roche 454 GS FLX+)对菊花进行SSR引物开发,得到SSR引物序列片段32863条,又使用MISA软件对所得结果进行搜索,得到的序列都是具有重复单元,使用Primer软件对菊花SSR引物进行设计。从设计好的SSR引物中随机筛选出100对,对这100对SSR引物进行筛选得到84对不能检测到条带或不具有多态性,16对具有多态性,且扩增条带清晰。对99个菊花品种对16对具有多态性的SSR引物进行扩增试验得到,等位基因数的范围是9至20,平均为11.187,有效等位基因数平均为5.2455,期望杂合度与观测杂合度的范围分别是0.4111至0.8896,0.2418至0.8111;多态信息含量PIC(Polymorphism Information Content)值为0.409(JH 47)-0.875(JH 41)之间,平均值为0.767;这说明SSR分子标记可用于菊花品种遗传多样性的研究。2.通过表型变异系数分析得知,菊花各品种的表型性状的品种间的变异均大于品种内的变异;且品种内的变异均小于0.200品种间的变异均大于0.200,个别品种间的变异大于0.600。对主成分分析得知,可分为5个主成分且累计贡献率为77.417%,在第一主成分中叶部性状中叶柄长度与叶片长度的贡献值最大,在其他主成分中株高、花序直径、舌状花长度与叶片宽度的贡献值较大。说明在形态学分类研究中花部性状与叶部性状对其研究很重要。3.用99个菊花品种对筛选出的10条条带较清晰、稳定的SCoT引物进行扩增,得到具有多态性的条带240条,多态信息含量PIC值为0.849至0.961之间,平均值为0.930。在菊花的遗传多样性研究中,SCo T分子标记可以较好的表达其遗传多样性。4.SSR、SCoT标记的群体结构分析得知,可将99个菊花品种分别划分为5个群体与2个群体,这与传统的形态学的分类不完全一致,这说明菊花各个品种间存在较大的基因渗透的现象。5.通过关联分析中一般线性模型(general linear model,GLM)分析得知,在16个SSR位点中有8个位点与7个菊花的表型性状相关联(p<0.01)。其中花部性状有3个分别为花序直径、花序高度、舌花宽度,与其相关的位点有5个;叶部性状有4个分别为叶柄长度、叶片长度、托叶大小及叶一级刻度,与其相关的位点有4个。通过混合线性模型(mixed linear model,MLM)分析发现3个SSR位点分别与花序高度、舌状花宽度、叶柄长度和叶片长度这4个表型性状相关联。有21个SCoT位点与菊花的7个表型性状相关联。本研究选择了99个不同的菊花品种,通过检测SSR、SCoT分子标记的位点,找到与菊花数量性状相关的位点,为以后的菊花育种提供基础数据;通过关联分析的研究,希望可以加快菊花的育种进程。