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中药材种质资源的准确鉴定对国家药用植物种质资源保存和药材质量提高均具有重要意义。目前,针对中药材种质资源鉴定的方法学研究尚不多见。本研究以DNA条形码技术为主,结合形态学鉴定,建立中药材种质资源鉴定的方法学体系。首先从泽泻种子入手,取56份样品进行研究,结果表明泽泻Alisma plantago-aquatica和东方泽泻Alisma orientle种子外观形态相似；两个物种的ITS2序列长度均为311 bp, GC含量为56.9%,ITS2序列在165 bp处存在T-A变异。在此基础上,对芍药、牡荆、漆树、商陆、银柴胡、苏木、苘麻、香薷、草珊瑚10种中药材种子,共98份样品进行鉴定,研究结果表明ITS2序列能够成功鉴定芍药、漆树、银柴胡、苏木、苘麻、香薷、草珊瑚、车前8种中药材种子的基原物种分别为芍药Paeonia lactiflora.、漆树Toxicodendron vernicifluum、银柴胡Stellaria dichotoma、苏木Caesalpinia sappan、苘麻Abutilon theophrasti香薷Mosla chinensis、草珊瑚Sarcandra glabra、车前Plantago asiatica,同时发现有些种子鉴定结果与样品标签不一致。psbA-trnH序列能够准确鉴定商陆药材种子的基原物种为垂序商陆Phytolacca americana。ITS2序列鉴定牡荆药材种子基原物种为穗花牡荆Vitex agnus-castus或黄荆Vitex negundo, psbA-trnH序列鉴定其基原物种为牡荆Vitex negundo var. cannabifolia或黄荆Vitex negundo 。然后,以常山Dichroa febrifuga种苗作为代表,为确定其取样范围,以TCMGIS进行产地适宜性分析,根据分析结果共采集到13份常山种苗、1份果实和35份常山药材样品以及14份混伪品样本,研究结果显示常山ITS2序列长度为232 bp,序列中共有4个变异位点,分别为6位点C-T变异,24位点C-T变异,223位点T-C变异,224位点T-C变异,176位点处存在碱基缺失,与其常见混伪品可明显鉴别。基于DNA条形码鉴定方法体系,对经典名方药材和临床样本进行鉴定研究,其结果对企业生产和医院用药具有较强的指导作用。本研究首次创建中药材种子种苗DNA条形码鉴定体系,为植物种质资源收集与保存、中药材种源繁殖与生产流通等领域提供重要监管工具,为中药材种子种苗DNA条形码鉴定研究提供示范。