本研究以藏猪和长白猪新鲜粪便为试验材料，利用PCR/DGGE技术和16S rNDA序列分析方法研究了藏猪的肠道微生物多样性。试验直接从藏猪和长白猪粪便中提取微生物的总DNA，并根据微生物的16S rRNA基因V6-V8区保守序列通用引物对总DNA进行PCR扩增，将扩增后的纯化产物直接利用变性剂浓度范围为38%-60%的变性梯度凝胶电泳分离。扫描拍照后将DGGE图谱中清晰可辨的条带割胶回收，经过菌落PCR和EcoRⅠ和SaLⅠ双酶切鉴定后挑取阳性克隆进行测序。对两种猪肠道内的微生物进行DGGE指纹图谱的多样性分析，并用Quantity One软件进行UPGMA聚类分析。将测序结果进行BLAST对比后发现从DGGE图谱中回收的优势菌的27条克隆中有20个克隆与基因库相关序列的相似性介于90%-96%之间，仅有7条克隆的相似性达到了97%以上，未报道的优势微生物占总微生物的74.1%。且有14条序列被鉴定为与纤维素分解菌或半纤维素分解菌相似。试验主要结果如下：1.藏猪肠道内优势微生物约30多种，比长白猪肠道内优势微生物（约20种）的更具多样性。2.藏猪与长白猪之间肠道微生物相似性仅为0.44，种内相似性大于种间相似性。3.藏猪与长白猪肠道微生物组成有差异，藏猪体内含长白猪体内没有的（溶糊精琥珀酸弧菌、毛螺旋菌科、梭菌目、梭状芽孢杆菌属等）肠道优势微生物。4.藏猪体内优势微生物的种类与长白猪相比，藏猪体内含有与溶糊精琥珀酸弧菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、产琥珀酸厌氧螺菌、梭菌目、毛螺旋菌科及乳杆菌目等相似的微生物，这些微生物是具有降解纤维素或半纤维素功能的微生物。