本研究对传统洋葱发酵汁的微生物菌群和化学组成进行了研究。首先利用分子生物学的方法（聚合酶链式变性梯度凝胶电泳PCR-DGGE）检测跟踪发酵过程中微生物群落结构的变化，结果显示发酵过程中的优势菌分别属于乳酸菌属（LAB，Lactobacillus zymae，发酵乳酸杆菌，植物乳酸杆菌)，醋酸菌属（AAB,巴氏醋酸菌,东方醋酸菌),柠檬酸菌属（弗氏柠檬酸杆菌）和酵母菌（假丝酵母，Kazachstania exiqua，Saccharomyces bulderi)四大类。并且第一次在发酵蔬菜中发现弗氏柠檬酸杆菌。根据PCR-DGGE检测结果，利用实时荧光定量PCR技术对发酵蔬菜中的重要菌种植物乳酸杆菌的数量和乳酸脱氢酶的相对表达量随发酵进行的变化规律进行研究发现，在整个发酵过程中植物乳酸杆菌的数量呈现上升的趋势，发酵前期和中期上升的速度较快，后期较慢，而乳酸脱氢酶的相对表达量呈下降的趋势。再利用高效液相色谱和顶空固相微萃取联合气相色谱质谱联用技术对发酵前后洋葱汁中有机酸、氨基酸和挥发性风味成分进行研究，乳酸和乙酸是发酵新增加的两种有机酸，表明洋葱发酵实际上是一种乳酸发酵。自然发酵的洋葱汁的氨基酸种类没有大的变化，但含量明显增加了。发酵使洋葱的风味更加丰富，在发酵产品中检测到更多种类的酯类、醇类、醛类、酮类等化合物。而且发酵产品的有机酸、氨基酸和挥发性风味物质的含量都受到盐含量的影响。所有的实验结果都证明了洋葱发酵是乳酸菌、醋酸菌、柠檬酸杆菌和酵母菌这四大类微生物相互作用的结果。本研究结果为洋葱发酵工艺产业化改进奠定了基础。