CD1（cluster of differentiation1）分子是除主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）I类和II类分子之外的第三类抗原递呈分子,并且被认为与MHC I家族蛋白具有共同的祖先。哺乳动物CD1分子具有递呈疏水性以及两性分子的功能,因而在适应性免疫系统中发挥重要作用。随着近年CD1基因在原鸡中的发现,首次证明了该基因在非哺乳类动物中的存在,这也说明CD1同属于早期适应性免疫系统的一部分。然而鸡CD1分子与哺乳动物CD1分子差异较大：哺乳动物有5种CDl分子亚型,鸡有2种CD1分子亚型；哺乳动物CD1基因位于MHC旁系同源染色体上,而鸡CD1基因位于MHC区域,并且系统发生分析证明哺乳动物CD1亚型与鸡CD1亚型不存在对应的直系同源关系。时至今日,脊椎动物CD1分子的进化模式仍然不够清楚。本研究首先通过利用原鸡（Gallus gallus） CD1氨基酸序列在安乐蜥（Anolis carolinensis）基因组数据库中找到其同源序列,设计简并引物扩增出CD1的保守片段,再利用5’RACE及3’RACE的方法,得到安乐蜥、暹罗鳄（Crocodylus siamensis）以及扬子鳄（Alligator sinensis） CD1分子的全长cDNA序列。通过已知的人、原鸡以及本研究中得到的扬子鳄CD1氨基酸序列分别在哺乳类、鸟类和爬行类中进行CD1分子筛查,在74种哺乳动物中获得了430余个CD1序列,60种鸟类中获得了150余个CD1序列,12种爬行动物中获得了10余个CD1序列。哺乳动物CD1分子共有五个亚型（CDla-e）,在不同物种基因数量为1-25个,并且所有真哺乳亚纲动物的对应CD1亚型之间均为直系同源分子；鸟类CD1分子有4个亚型（CD1.1a, CD1.1b, CD1.1e, CD1.2）,在不同物种基因数量为2-6个,其中CD1.2最普遍存在的类型；爬行动物中鳄目与龟鳖目分别有2个亚型,而安乐蜥的CD1不属于其中的任何类型。通过氨基酸序列比对发现在哺乳类、鸟类和爬行类CD1分子中存在着保守的N-糖基化和二硫键位点,但是更多的N-糖基化位点具有物种或亚型特异性。猜测这可能是脊椎动物CD1分子原始的糖基化模式,随着基因的复制,会有新的特异性糖基化位点出现,使之能够与抗原更好地相互作用。进一步对爬行类和鸟类的CD1结构进行了预测,它们均具有由一个或两个结合口袋构成的小结合槽,但缺乏类似哺乳动物CD1分子中由三个口袋及凹槽形成的大结合槽。基因同线性分析结果显示,鸟类和爬行类的CD1基因位于MHC区域,也有类似哺乳动物处于MHC旁系同源染色体上,甚至还有一部分物种CD1基因既不位于MHC所在的染色体上,也不在旁系同源染色体上。本研究通过对鳄鱼及蜥蜴CD1基因全长cDNA的扩增,首次证实了CD1在爬行动物中的存在。通过对哺乳类、鸟类和爬行类CD1分子的筛查、氨基酸序列及蛋白结构预测、系统发生、同线性分析等,揭示了脊椎动物CD1分子的进化模式特征,对进一步研究CD1分子的起源提供了重要线索。