在供应链管理的过程中，由于资源的有限供给性。因此，为了提高供应链管理的有效性，并保证供应链系统中资源使用的效率与公平，对资源进行有效的管理，合理对资源的分配和解决资源使用过程中产生的冲突是供应链资源管理中的核心问题。作为组织的一种形式，供应链为整个国民经济的发展带来了很大的促进作用。这种有自然人参与的组织具有强大的竞争能力，成为21世纪经济组织的主流之一。由于人的参与，使得这种组织中具有不同思想、知识结构和经验的活的主体，使供应链管理系统成为一种复杂系统。大量的分析研究认为，供应链复杂系统中各主体的的行为是自治的，在这一领域的研究应当采用自上而下的方法。通过对供应链复杂系统的演化发展及其运行规律深层次的研究，力求寻找得到一个对该系统发展具有高效率运作支持的准最优系统结构及其对应机制。　　 基于Agent的仿真技术是目前用于解决复杂系统中存在的问题的一种前沿方法和技术，通过自下而上的方式，透视和分析系统中主体的不同状态和行为特征、主体和环境的作用、主体之间的作用，来表现出Agent的宏观特征。本文将供应链复杂系统中的各个节点企业看成Agent，提出供应链系统中供应阶段、运输阶段以及销售阶段的不确定性，分别建立三个阶段供应链资源流各Agent的数学或系统动力学模型，并运用仿真平台AnyLogic，结合编程语言Java，对各个阶段在不同策略下，对供应链复杂系统资源流进行仿真，经过仿真结果分析表明：　　 (1)在供应阶段，供应链可以根据实际情况来选择动态采购策略。当供应商持货成本很高时，供应商可以不实行动态采购策略，但需要信息的支持；当供应商持货成本不高时，供应商和制造商可同时实行动态采购策略。　　 (2)在运输阶段，供应商管理库存是运输中断模式下最理想的供应链管理库存和运输资源流动模式。　　 (3)在销售阶段，顾客需求波动较大的情况下，运用混合分销策略，会使得零售商库存管理效果明显。