长三角地区正处于产业转型升级不断推进,区域经济协调发展稳步构建的关键时期,如何实现这一时期区域经济整体的快速、持续、健康发展是一项艰巨的任务,而作为经济增长的内在动力,技术创新在促进经济增长中的作用日益显著。研究长三角区域创新效率及其内部差异情况,探究提升地区创新效率路径,对提高长三角区域创新能力,加快我国的创新型国家建设进程,无疑具有重要意义。在归纳总结国内外学者创新效率研究成果的基础上,本文首先以长三角16城市创新效率为起点,运用DEA-Malmquist指数方法研究了长三角地区创新效率在2004—2013年变化情况和内部差异,并划分江苏、浙江、上海进一步差异分析,研究发现:(1)长三角地区创新效率整体小幅提升,主要来源于技术效率的提高;(2)16城市创新效率差距不大,并呈明显地域特征;(3)上海和江苏8市创新效率增长较快,浙江7市相对缓慢。在此基础上,为更加动态反映16城市创新效率差异的变化趋势,本文采用σ收敛性检验和β收敛性检验研究了长三角及江苏8市和浙江7市内部创新效率收敛性,结果表明:(1)长三角、江苏8市、浙江7市创新效率均呈收敛特征;(2)三地区技术效率与创新效率有着基本相同的变化轨迹和趋势特征,而技术进步呈发散状态。紧接着本文研究了长三角创新效率的影响因素,结果发现:(1)区域基础设施、产业结构、劳动者素质、对外开放度和政府支持均对长三角地区创新效率有显著正向影响;(2)劳动者素质和对外开放度对江苏8市创新效率影响显著,而产业结构和政府支持对浙江7市创新效率影响显著。最后,本文基于此给出政策建议:(1)改善地区人力资本水平,发挥人才创新潜能;(2)优化产业结构,促进高技术产业发展;(3)加强产学研结合,加快科技成果产业化;(4)增强政府支持,提高资金使用效率;(5)扩大对外贸易,加强区域间技术交流。