中国(福建)自由贸易试验区(以下简称“福建自贸区”)地处大陆与台湾交界处,涵盖福州、平潭、厦门三个片区,是国家在福建地区搭建的又一座沟通两岸经贸发展,促进两岸关系的桥梁。党的十八届三中全会决议提出“加快沿边开放步伐,加快同周边国家和区域基础设施互联互通建设,形成全方位格局”,并且《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》也指出“要加快自贸区建设,扩大对台湾地区开放合作。”正是基于此,2015年3月24日,中福建自贸区正式挂牌成立。福建自贸区的成立,对海关的监管服务水平提出更高要求,海关应当顺势而为,主动适应自由贸易试验区发展要求,更新监管理念、革新监管流程、创新监管模式、建立适应自贸试验区建设和发展的监管服务体制。福建自贸区“一区三片”中,福州海关关区的片区面积超过全区的三分之二。福州海关作为福建自贸区内政府部门的改革领跑者,承担区内通关机制创新,新贸易业态监管以及支持特殊监管区域整合优化等一系列工作,其政策制度和法律法规的制定是通过“拿来主义”,在复制借鉴上海自贸区海关相关监管制度的基础上加上具有“福建特色”的创新。但是改革创新意味着对既有的路径、模式和制度的突破,简政放权也对原有的政府与市场的关系产生冲突。因此,本文对国内外对自贸区研究和海关监管方面的研究进行了梳理。在此基础上从实证角度出发,结合通过研究福州海关在对自贸区履行监管职能的过程中是如何配合政府实现职能转变,分析存在的瓶颈与挑战,并从贸易和安全、法治完善、科技创新等几个方面提出合理化建议,保障福州海关在自贸区这块“试验田”上顺利完成职能转变。