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猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新发现的肠道冠状病毒,临床表现为水样腹泻和呕吐,迅速脱水,衰竭而亡。各阶段猪均可感染,新生哺乳仔猪最易感染,发病率可达50%~100%,死亡率高达100%,给养猪业造成巨大的经济损失。目前还没有可以针对PDCoV感染的专门治疗和预防的措施。为揭示PDCoV的遗传变异及流行规律,本研究通过对山东省、广西壮族自治区部分地区猪腹泻样品进行PDCoV检测,并获得一株PDCoV全长。同时本研究建立快速高效PDCoV的荧光定量方法诊断,对PDCoV的防控工作提供更为全面的理论依据,本研究进行了以下工作:1.根据GenBank公布的PDCoV、TGEV、PEDV和PoRV基因序列,设计检测引物,对2017年9月-2019年1月,采集山东省、广西壮族自治区部分大型猪场仔猪腹泻样品140份进行检测。结果表明,140份病料中有13份为PDCoV核酸阳性,阳性率为9.29%;PEDV、TGEV、PoRV阳性率分别为20%、29%、13.75%,其中PEDV和PDCoV、PoRV和PDCoV混合阳性率分别为6.43%和3.57%。表明当前PDCoV易与其他病毒混合感染。参考PDCoV CHN-AH-2004株(GenBank登录号:KP757890.1)基因序列,分别设计25对特异性引物对PDCoV阳性进行RT-PCR分段扩增,拼接获得1株PDCoV全基因组全长。使用软件与参考毒株进行系统进化树和同源性分析。结果表明,PDCoV CHN-GX-2018株基因组全长25,407 bp,与美国分离株比较存在2处重大变化:(1)ORF1a/1b存在2处氨基酸缺失(第400-403aa、第756-759aa位置);(2)S基因存在1个氨基酸的缺失。根据遗传系统进化树分析PDCoV CHN-GX-2018与东南亚地区参考毒株处于同一分支,亲缘性较近。2.建立一种快速检测PDCoV荧光定量PCR方法,根据PDCoV N基因序列设计特异性引物,建立了实时荧光定量PCR方法。结果表明:通过线性回归分析,标准曲线斜率为-4.90,相关系数为0.999,表明Ct与模板浓度之间具有良好的线性关系。所有稀释度标准品模板出现特异性熔解峰;方法检测下限为6.31×10~1 copies/μL;特异性显示PEDV和TGEV等均没有扩增;利用该方法对60份临床猪粪便样品进行检测,结果显示PDCoV阳性率5.0%,表明本研究建立的方法可以快速且灵敏地检测PDCoV,为PDCoV的预防和疫苗的研究奠定基础。