‘富士’苹果是中国目前栽种面积最大的苹果,对其着色水平的研究具有重要的现实意义。甲基化是基因组DNA的主要表观修饰形式,正常生物体内均存在数量和程度不等的DNA甲基化。研究表明,DNA甲基化可能在果实颜色性状的表现上发挥作用。但国内外现有对DNA甲基化与果实表皮色泽相关性的研究均针对特定基因位点的甲基化,对总基因组甲基化对苹果着色及色相差别机理的研究尚未见报道。为了了解‘富士’苹果解袋后着色相关主要生理指标、DNA甲基化及与相关基因表达量变化,进行‘富士’苹果解袋后12天内主要着色生理和表型指标测定,果皮DNA、RNA提取及MSAP（Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP）、实时定量PCR分析,实验结果表明:生理及外观指标综合聚类可将‘富士’苹果解袋后关键着色期分为两个阶段:着色变化剧烈期（前6天,S1）和着色变化平缓期（后6天,S2）。S1时期‘富士’苹果着色相关生理生化指标变化明显,差异性大;S2时期‘富士’苹果各着色指标变化趋势较小,差异性小。‘富士’苹果解袋至完全上色12天内花青苷迅速积累,叶绿素、类胡萝卜素含量逐渐下降,第6天后色素含量趋于稳定;果皮红色程度加深,颜色种类变少,色彩逐渐鲜明,色彩饱和度升高,于第6天后（S2时期）变化趋势减缓。生理指标变化趋势符合‘富士’苹果解袋后关键着色期的划分。MSAP分析结果表明,Ⅱ型甲基化（外侧胞嘧啶半甲基化/CGH甲基化）、Ⅲ型甲基化（内侧胞嘧啶全甲基/CG甲基化）在解袋第6天明显出现一个拐点,与生理指标很好吻合;甲基化水平和甲基化模式变异在两个着色期变化明显:S1期甲基化水平明显高于S2期,且甲基化模式前期以甲基化为主,后期则以去甲基化为主,可见,去甲基化在解袋后‘富士’苹果着色期可能发挥了重要作用,去甲基化推动了‘富士’苹果解袋后的着色进程,但主要生理指标与DNA甲基化变化的相关性及主成分分析均显示二者无显著相关性。‘富士’苹果解袋后着色期内果皮主要六类花青苷结构基因:MdCHS、MdANS、MdCHI、MdF3H、MdDFR1、MdUFGT的相对表达量分析结果表明,六类主要的花青苷结构基因表达量在两个关键着色期内差异明显:S2时期明显高于S1时期,符合前期试验结果中花青苷含量在两个时期内变化。六类基因中MdANS和MdCHS两类基因的相对表达量最大,并且除了MdDFR1基因外,其它五类结构基因相对表达量均与花青苷含量呈显著正相关,表明这五类花青苷结构基因通过调控花青苷的合成进而影响‘富士’苹果着色进程。‘富士’苹果解袋后着色期内五类主要的DNA甲基转移酶基因:MET1、DMR、CMT3、ROS、DML的基因相对表达量分析结果表明,五类主要的花青苷结构基因除MET1之外,表达量在两个关键着色期内:S1时期明显高于S2时期,与前期实验结果中DNA甲基化在两个时期内水平及模式变化规律相符。五类基因中MET1相对表达量最大,其中五类类基因中DML和DMR基因显示与主要甲基化指标II型甲基化呈显著负相关,表明这两类DNA甲基转移酶基因参与‘富士’苹果解袋后果皮DNA全基因组甲基化,其它影响全基因组总甲基化水平的基因有待进一步研究发现。对条红和片红两种色相‘富士’苹果研究结果显示,前者主要色素、色泽以及着色指标均优于后者;DNA的甲基化水平及模式变化条红‘富士’也更为明显,说明条纹‘富士’整体着色水平优于片红‘富士’。