种业发展关系国计民生,是国家战略性、基础性核心产业。十九大报告提出:“创新是引领发展的第一动力,是建设现代化经济体系的战略支撑。以企业为主体,市场为导向,加强产学研的深度融合,打通‘科研成果’转化的最后一公里。”因此植物新品种创新及成果转化是我国农业关注的重中之重。植物新品种协同创新是指科研院所、高校、企业、金融机构等主体进行创新合作和资源整合,充分发挥各自优势协同创新,进而增强核心竞争力的合作创新模式。推动植物新品种协同创新是提高农产品供给能力的关键,而合理的利益分配是植物新品种协同创新的保障。本文针对植物新品种协同创新的利益分配问题,第二章运用SNA模型在分析大量文献的基础上对植物新品种协同创新的概念内涵、目标、主体和阶段进行界定,同时对植物新品种协同创新的利益分配分类、支付方式、分配原则进行了概述。第三章在剖析大量相关文献的基础上,初步总结了影响植物新品种协同创新的主要因素,通过调查问卷验证影响因素合理性,利用SPSS软件对调查结果进行统计分析和检验。第四章基于系统动力学构建了植物新品种协同创新利益分配影响因素流图,利用Vensim软件对系统动力学模型进行模拟仿真,验证系统动力学模型的有效性。第五章构建植物新品种协同创新研发阶段、成果繁育阶段和推广应用阶段的利益分配方案并进行算例分析,在此基础上,利用TOPSIS法进行综合协商,确定最优的利益分配方案并进行算例分析。通过研究,本论文确定植物新品种协同创新利益分配影响因素,模拟仿真得到各类影响因素对植物新品种协同创新利益分配的影响程度。最后,基于不同影响因素构建植物新品种协同创新三阶段利益分配方案并综合协商得到使各主体满意度最大化的植物新品种协同创新利益分配方案并提出对策建议。