医药制造业作为典型高技术产业,其健康发展与经济增长、国民健康和社会稳定息息相关,创新能力对医药制造企业长远发展意义重大。研发投入和专利产出是创新链条上的关键环节,于是本文以其作为评价企业创新能力的关键指标,探讨创新能力对医药制造企业绩效的影响。本文收集和筛选了国内118家A股医药制造上市公司2012-2016年符合条件的310组数据,借助DEA-Tobit二阶段模型进行了创新能力对企业绩效的实证研究。首先利用DEA-BCC模型对企业绩效进行测算分析,得出医药制造企业综合技术效率、纯技术效率和规模技术效率的得分,并将综合技术效率得分视为企业绩效值;然后运用受限因变量Tobit模型,分析了创新能力对企业绩效的影响;最后根据实证研究结论,分别对企业、投资者、政府提出了相关建议。通过研究本文得出如下结论:首先,我国医药制造企业绩效整体水平稳定,国有企业整体绩效高于非国有企业,且非国有企业绩效差异较大;西部地区企业绩效高于其他区域。其次,创新能力对我国医药制造企业绩效存在显著促进作用,且存在时间滞后性,因企业性质及所属区域的不同,创新能力对企业绩效产生的影响也有所差异。