基于TCGA数据库胃癌LincRNA生物标志物筛选及生物学功能分析

来源 :南华大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:layueee
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:预测与胃癌相关的LincRNA,及与其相关的信号通路,并筛选出特定的LincRNA作为胃癌预后潜在的生物标志物。方法:第一步,从TCGA(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载375例胃腺癌组织和32例癌旁组织的RNA-seq数据(HTseq-RNA Counts)及胃癌患者相关临床信息,并分别提取相关的LincRNA和mRNA。第二步,使用R语言/Bioconductor的edgeR包分别筛选出差异表达的LincRNA、mRNA。第三步,使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法对数据进行加权,得到与胃癌临床特征相关性最大的模块及相对应的临床特征。第四步,通过CytoHubba软件寻找关键基因,得到与胃癌发生相关性最大的关键LincRNA。第五步,对所得到的关键基因LincRNA进行靶基因预测及生物学功能分析,研究与胃癌发生、转移有关的LincRNA与mRNA的相关性,并使用Cytoscape构建LincRNA与mRNA的共表达网络。第六步,将得到的胃癌关键LincRNA使用Kaplan-Meier软件进行生存分析,以研究LincRNA与胃癌患者的总体存活之间的关联。结果:1.此研究筛选出2200个差异表达的LincRNA以及4623个差异表达的mRNA;2.得到与肿瘤分级相关性最大的MEbrown模块、MEturquoise模块(模块中为基因群);3.筛选出LincRNA相关性最大模块中的5个关键基因(Hub基因),分别是BARX1-AS1、CARMN、FENDRR、GAS1RR、LINC01354;4.得到胃癌发病可能相关的MAPK Signaling Pathway、CELL CYCLE Signaling Pathway、P53Signaling Pathway、P13K-AKT Signaling Pathway、WNT Signaling Pathway、TGF-BETA Signaling Pathway、ADHERENS JUNCTION Signaling Pathway七条主要的KEGG生物信号通路;5.构建LincRNA与mRNA共表达网络;6.BARX1-AS1、CARMN、FENDRR、GAS1RR、LINC01354高表达组生存率均较低表达组低。结论:BARX1-AS1、CARMN、FENDRR、GAS1RR、LINC01354可作为胃癌预后潜在的生物标志物。
其他文献
为解决工业园区中由按订单装配(assembly to order,ATO)型订单产生的生产物流信息不同步、运营成本高等问题,提出物联网环境下的三层两级联动控制机制,采用协同优化算法建模仿
<正>链接文章《创意合影》5月14日下午,朝外大街SOHO中国总部,潘石屹在此举办了他在北京的第二次摄影展。与上次影展对象多为传统意义的企业家不同,此次现场展出了很多互联网
期刊
目的观察磷酸化蛋白激酶B(Protein Kiase B,P-AKT)、胰岛素样生长因子1(Insulin-like Growth Factor-1,IGF-1)及血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF)在
充油设备油位异常是变电站运行中常见问题,通过对电力充油设备油位异常进行分析,找出油位异常的根本原因,并提出相应的解决措施和建议。
工程计量管理是高速公路机电工程中的重要组成部分,其可以有效控制工程质量,是控制支出和投入的关键,也是督促承包商履行合同义务的主要方式。基于此,本文针对工程计量管理在
胰腺癌恶性程度高,临床上病人发现时多为进展期,其手术切除率低,为15%-30%,切除术后5年生存率仅为5%—10%。多数医生对胰腺癌的治疗持悲观消极态度。近年认识到胰腺实性假乳头状肿瘤(
随着互联网的发展和智能手机的普及,移动营销越来越频繁的进入人们的视野并且为企业所青睐。智能手机终端不断深入到营销过程,APP营销应运而生,被企业所青睐,那么用户对APP营
目的:初步探讨白藜芦醇(Resveratrol)抑制人胃癌细胞株MKN45增殖的作用及其对MEK/ERK(Mitogen-activated Extracellular signal-regulated Kinase/Extracellular Regulated protein Kinases)信号通路的影响,为胃癌临床治疗及新药研发提供数据和思路。方法:培养良好胃癌细胞株MKN45随机分为四组
为迎合消费者需求的多样化,众多的服装制造企业开始从传统的生产外包向自有品牌转型。红豆作为中国服装业的先锋,其从生产外包向自有品牌转型升级的过程中,也面临着不同影响
目的:观察FHIT、EGF蛋白在外阴癌组织中的表达情况,探讨FHIT、EGF蛋白与外阴癌发生发展和预后的关系。 方法:用免疫组化SP法对20例正常外阴组织,22例外阴上皮内瘤样病变(VINS)