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农业科技园区对我国发展现代农业，推动传统农业不断走向现代化、产业化起到了重要作用。对农业科技园区的运营情况进行评价，使得园区发展有具体目标的约束和指标考核，对最大限度地促进园区的可持续发展和充分发挥园区的示范带动作用具有现实的应用价值。 本文在对农业科技园区的发展背景、内涵以及特点介绍的基础上，依据构建运营绩效综合评价体系应遵循的一系列基本原则，通过实地调研，运用经济学、管理学以及生态学等学科相关理论建立了一套具有普适性的现代农业科技园区运营绩效综合评价指标体系，并运用层次分析法和模糊综合评价法相结合的方法对鄂尔多斯市万通现代农业科技园区进行了实证分析，指出了该园区目前的运营现状以及制约其发展的主要问题，同时针对问题提出了相应的发展对策。