典型草原与锡林河湿地是我国北方重要的生态屏障及国际研究的热点区域。反硝化菌是氮素生物地球化学循环的重要参与者,其类群及分布热区关系到温室气体的源汇转化及减排效能,但关于反硝化菌在典型草原与锡林河湿地分布情况的研究十分匮乏。本研究基于16S rRNA基因文献计量学构建反硝化细菌参比库,选取河床中心R1与边缘R2、低河漫滩W1与高河漫滩W2、羊草草原T1与大针茅草原T2等6个样带沉积物/土壤,通过16S rRNA和nirS基因高通量测序及生物信息学分析反硝化菌群组成、丰度、分布热区及理化因子对反硝化菌群分布热区的驱动机制。主要研究结果如下:(1)反硝化细菌参比库共包含65个属,典型草原与锡林河湿地包含33个反硝化细菌属,隶属于系统发育分支中的变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,变形菌门是最优势的分支。(2)16S rRNA和nirS测序得到的反硝化菌群沿R1与R2、W1与W2、T1与T2样带总体呈现先升高后降低的分布趋势,并在低河漫滩W1样带达到峰值。R与W样带反硝化细菌均以共享类群为主,表现出反硝化菌群的高度相似性。(3)R1、R2、W1、W2、T2样带依次是硫杆状菌属与索氏菌属、生丝微菌属与红球菌属、黄杆菌属与气单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属与戴尔福特菌属、链霉菌属与短杆菌属空间分布的热区;而芽孢杆菌属和寡养单胞菌属等反硝化细菌交错分布在R、W及T样带,未表现出明显的热区特征。(4)锡林河沉积物及湿地土壤是黄杆菌属和戴尔福特菌属的热区,主要由含水量、pH值、沙粒含量正向驱动;羊草及大针茅草原土壤是链霉菌属与短杆菌属的热区,主要由有机质、总氮、总磷等环境因子正向驱动。该研究结果不仅能弥补人们对内蒙古典型草原与锡林河湿地沉积物/土壤反硝化菌群空间异质性及热区认识的不足,亦能为不同空间尺度上草原退化及湿地萎缩的早期预警提供科学依据。