本文对关系到国家安全的军工企业内部控制进行研究，这对促进其提升内部控制水平具有一定的意义。全文基于内部控制职能论，根据军工企业的特点，从军工企业内部控制设计合理性与运行有效性两个维度出发，提出了军工企业内部控制水平评价思路与评价体系。在军工企业内部控制设计合理性评价方面，提出了“制度评价+流程评价+风险导向”为一体的评价思路，并以“研究与开发”业务为例展开具体评价说明，以供军工企业参考与借鉴。在军工企业内部控制运行有效性评价方面，主要构建了军工企业以目标为导向的内部控制评价体系，在五大目标一级指标下分设16个二级评价指标、38个三级评价指标。同时，选取我国十大军工集团下属的60家军工类上市公司作为研究样本，对其进行了应用检验。检验中综合运用了层次分析法、功效系数法与模糊综合评价法。检验结果表明，60家军工类上市公司的内部控制水平总体较低，总评分值被划分到Ⅲ等级以下的公司有53家，占比88.33%，没有一家公司被划分到Ⅰ等级中，有一家公司被划分到最差Ⅴ等级中。最后，本文分析了其内部控制水平较低的原因，并提出相关建议，以期军工企业能够加强其内部控制建设，进一步提升内部控制水平，促进军工企业的可持续健康发展。